Вернувшись в Севастополь в мае 1833 года и заручившись поддержкой и покровительством командующего Кавказским Отдельным Корпусом генерал-адъютанта барона Розена, на военном корабле Монпере отбыл на Кавказ, где реализовал свои амбициозные планы. Он посетил черноморское побережье Северного Кавказа от Геленджика до Редут-кале, откуда совершил переход до Кутаиса, проехал по Армении и Ширвану, вернулся в Тифлис и, преодолев Кавказские горы, прибыл во Владикавказ. Отсюда вдоль горного хребта отправился в Кавказские Минеральные Воды, и далее через Ставрополь в Тамань. Из Тамани, переплыв Керченский пролив, ученый вернулся в Крым, где и завершилось главное путешествие его, увы, не столь долгой жизни.
На основе множества заметок, зарисовок, собранного археологического и геологического материала, к которым он присовокупил труды предшественников и античные мифы и материалы, Фредерик Дюбуа де Монпере создает 6-томный труд «Путешествие вокруг Кавказа, к черкесам и абхазам, в Грузию, Армению и в Крым», сопровождавшийся роскошным иллюстрированным самим автором атласом, помощь в издании которого оказало русское правительство и лично Николай I. Специалисты отмечают особый «историческо-археологической» ракурс иллюстраций Монпере, которые, можно сказать, были больше, чем просто картины: помимо красоты пейзажа ему превосходно удавалось точно передавать характер расположения древних памятников на местности.
Атлас поражает своим масштабом: в нем 5 серий карт, планов, зарисовок, таблиц, расположенных по темам:
• I серия — География древняя и современная, содержит детальные карты различных частей Кавказа и планы достопримечательностей на 24 листах.
• II серия — Пейзажи и виды. Состоит из 75 рисунков.
• III серия — Архитектура. Иллюстрирует стилевое разнообразие памятников Кавказа и Крыма.
• IV серия — Археология. Содержит детальные зарисовки артефактов, гробниц, барельефов, подписей.
• V серия — Геология. Изображены карты, схемы, разрезы, виды, панорамы наиболее интересных в геологическом отношении мест, зарисовки окаменелостей.
К слову: если само «Путешествие вокруг Кавказа…» сегодня можно купить в хорошем русскоязычном переводе, то Атлас является библиографической редкостью. По официальным данным в России сохранилось всего три экземпляра: в Российской государственной библиотеке, Российском географическом обществе Санкт-Петербурга и в Геленджикском историко-краеведческом музее.
За этот фундаментальный труд и предшествовавшее ему героическое путешествие ученый был награжден большой золотой медалью Французского Географического Общества, которую присуждали лишь за наиболее выдающиеся открытия. За этим последовало признание коллег из Берлина и Лондона. А император Николай I лично вручил швейцарскому ученому орден св.Станислава и внушительное денежное вознаграждение.
Удивительно то, что, оставаясь до наших дней одним из самых цитируемых источников в отечественных исследованиях, труд Фредерика Дюбуа де Монпере почти два века оставался не переведенным на русский: изначально он предназначался зарубежной публике и просвещенному научному сообществу России, где все дворянство того времени французский язык знало едва ли не лучше, чем свой родной. И только совсем недавно увидело свет русскоязычное издание «Путешествия».
В 1838 году вернувшемуся в родной Невшатель Фредерику предлагают сперва должность преподавателя археологии в открывшейся там Академии, а позже, с учреждением археологической кафедры, и пост ее руководителя в звании профессора. В 1848 году ученый, однако, оставляет преподавательскую деятельность, чтобы полностью сосредоточиться на практической археологии. Вместе со старинным другом и коллегой Фердинандом Келлером он исследует окрестности родного города и на основании проведенных раскопок пишет свой последний труд «Памятники Невшателя», для которых делает большую серию гравюр с зарисовками местности, непрестанно путешествуя по окрестностям в поисках наиболее точных художественных перспектив. Увы, ему не суждено было увидеть свое последнее произведение напечатанным: оно было опубликовано стараниями друзей уже после смерти