Мир глазами биолога (Eka Vnizgolovoi)

ЗАПИСЬ СТРИМА ГОТОВА

Ждём ваших комментариев и новых вопросов, потому что кажется будет часть номер два :)

Генетические тесты на происхождение знают, откуда ваши предки?

Привет, ребята! Кто из вас подписан на другие странички — в тикток или инсте, тот знает, что последние пара недель в них посвящены генетическим тестам на происхождение. Материалы про это выходят в виде роликов, так что не очень понятно, как добавлять их в ТГ (а ютуб требует урезать до одной минуты, так что с ним все сложно).

Чтобы поймать вас в контекст, загружу сюда последний ролик просто как есть. А нужно это, чтобы рассказать вам, что
- завтра (суббота, 1 февраля)
- в 21:00 Еревана (20:00 Москвы)
- на канале https://www.youtube.com/@LabMouseTalks
мы встретимся с молекулярным биологом Екой Грачевой @vnizgolovoi, которая вот уже 5+ лет изучает историю происхождения своей семьи. С использованием архивов, генетических тестов и сервисов поиска родственников.
Мы поговорим об ограничениях генетических тестов, о том, какие тесты и как выбирать, можно ли найти свою пятиюродную тетю (и есть ли в этом смысл), какое будущее у генетических тестов такого рада.

Обсудим и вопрос возможного банкротства 23andme, и их недавнюю большую утечку данных (особенно в контексте войны Израиля и Палестины), и отказ MyHeritage работать с российскими пользователями, и какие стратегии развития стоит выбрать компания тестов, чтобы оставаться на плаву.

А еще нам можно прислать вопросы про генетические тесты и ваш собственный поиск, на которые мы сможем ответить на стриме.

Приходите на стрим! Канал https://www.youtube.com/@LabMouseTalks (позже добавлю ссылку на сам стрим)

экстра вопрос: маякните, кто хотел бы смотреть стрим из тг. Нам нужно понять, пускать ли сюда второй поток стрима. Это немного сложнее, но возможно, если будет запрос на стрим сюда.

Что могу сказать... Спасибо законодателям, что придумали законы, где ты не можешь распоряжаться собой.
Но вообще это катастрофа, учитывая, что тупо стирается огромный пласт людей из поиска. Это беда не только для тех, кто в России, но и у кого корни там...

Что делать?

У кого аккаунт на MH: перенести все на российские сайты либо отдавать под управление на аккаунт, созданный из-за границы (это определяется по IP).
Ещё раз порадовалась тому, что сама управляю семейными проектами, но теперь иметь платный аккаунт практически не имеет смысла для меня.

Так, мне тут напомнили напомнить и на этом канале, если вы вдруг не знали про мой генеалогический.
Если вы пользуетесь My Heritage или их программой для создания генеалогического древа, и оно создано с регистрацией в РФ, то 1 февраля оно превратится в тыкву.
Данные удалят, так что всем качать исходник в формате gedcom

В сервисе MyHeritage зайдите в панель «Управление» в главном меню и выберите справа «Экспорт GEDCOM» напротив вашего древа.

Заливать можно пока куда угодно, что ещё работает в РФ...
Familio, famiry, даже великий и ужасный форум вгд теперь со своей утилитой.

Но реально, осталось три дня на действие :(

☝️☝️☝️
На Биомолекуле вышел мой новый дайджест, в котором есть мой любимчик.
Это статья о том, что дофамин, серотонин и гистамин — не просто молекулы, которые сигналят клеткам снаружи, но и управляют процессами изнутри.

Буквально недавно я писала для Элементов о работе лаборатории Бенджамина Динена, которая подробно изучила процессы серотонилирования (присоединения серотонина) гистонов в головном мозге и его опухолях. Это была первая работа, которая реально увязала это с физиологическими процессами и тем более заболеванием.

В пятницу я в этой лабе ещё и побывала по работе!
И это, надо сказать, улёт! Ты их читал, ты пёрся с методологии и подхода, и вот видишь, что обычная такая лаба, ничего супер-пупер, просто крутые мозги и прямые руки.

А эта статья уже от другой лаборатории, которая сначала как раз нашла, что серотонин присоединяется к гистонам, а сейчас понимает, что много что в мозгу может. И тот же гистамин присоединяется в зависимости от времени суток и активности организма.

В общем, это крутейшее направление, и я ожидаю ещё больше статей, которые покажут, как же это все регулирует наш мозг, и можно ли это как-то использовать для того, чтобы лечить нейрологические и психиатрические заболевания

Новый дайджест расширяет клеточные границы для понимания бактериальной транскриптомики, а также наши знания о нейромедиаторах и Y-хромосомах.

Читайте на нашем сайте.

Автор: Екатерина Грачева

#Биомолекула_дайджест

Возвращаюсь с первой командировки года в первую неделю с новым президентом...
В общем, настроения у всех в непонятках по многим причинам.


И к вопросам о потенциальном главе министерства здравоохранения-антиваксере, лоббисте бадов, ответственном за страховки, вопросам иммиграции теперь ещё прибавилась остановка найма на федеральные должности. А это: та-да, и учёные на федеральных грантах.

Вдобавок, приостановлено рецензирование грантов NIH, в том числе и постдоковских, и добивание: институтам NIH запретили временно тратить деньги примерно совсем.

Пока до 1 февраля, но это значит, что вот максимум там перчатки и носики для пипеток. Никаких новых антител и прочего. Мышей можно кормить, но вот лекарства, которыми их будут кормить — это уже нет.

И у кого-то же сейчас идёт рецензирование статьи... Последние эксперименты для защиты... Последние эксперименты для гранта, чтобы получить позицию...

Напряглись мы все: академия, индустрия... Короче, не напрягаются только те, кто это все подписал. Как всегда.

В запрещеннограме вышел новый пост о том, почему именно сейчас возрождение видов — отличная идея, а я ещё хочу поделиться новостями с PAG.
К сожалению, сессию о древней ДНК я почти полностью пропустила за исключением доклада о тасманийском волке. Но о нем отдельно. Хочется о мамонтах.

Итак: у нас есть ещё более крутой геном мамонта — и за это спасибо команде Лёве Даллена и Юке. Юка — это шикарно сохранившийся мамонт, которого смогли прочитать не просто, а с использованием длинных прочтений ДНК.
80 процентов генома мамонта собрано de novo — то есть из самого мамонта
Теперь мы знаем ещё больше об адаптации мамонтов к холоду, и даже о генах, которые делают мамонта горбатым и рыжим.

И ещё крутая штука, которую я узнала уже после конфы.
Лёве — один из немногих людей мира, который ел мамонта.
Говорит, что на вкус как сушеное мясо без специй...

В общем, пока там весь биотехнологический и фармамир меряется профитом на великой и ужасной конференции JP Morgan Healthcare, прошла моя любимая конфа Plant and Animal Genome.
Люблю ее не только за то, что она заканчивает мою череду шести конференций почти подряд, но и за расслабленность и темы, которые не рассматривают нигде.

В этом году все тоже менялись п. Пангеномами.
Пангеномы — это когда вместе собирают информацию о том, насколько разнообразны геномы одного вида. Теперь тупо собрать геном неинтересно. Потому что ну камон, волшебники собирают геномы мамонтов, тасманийских волков и других видов которые есть, а также собирають геномы буквально, секвенируя буквально на коленке. Теперь когда не только технологии длинного прочтения конкурируют между собой, но и у великой и ужасной Иллюмины, которая долгое время была единственной, кто закрывал наши потребности в прочтении геномов, есть достойные конкуренты, можно замахнуться и на геномы десятков организмов, чтобы понять, как они между собой различаются.

Ну а для меня интереснее функциональная геномика, то есть как мы все эти гены, а также их варианты, можем со сверхспособностями растений и животных. Например, разговаривала с исследователем, который пытается изучить, как жировые клетки медведей регулируют свои запасы до и во время спячки. Проблема только в том, что достать жирок у спящего медведя сложно. А работать с этим жирком ещё сложнее.
Так что надеюсь, что у него получится 🤞
Потому что как не надо будить лихо, так и не надо лишний раз тыкать спящего медведя.

Пока я собираюсь с мыслями делиться итогами любимой конференции, вот вам куча позиций в академии и не только в молекулярной биологии растений, животных, биоинформатике и эволюционной биологии.

Прошу репостов по всяким заинтересованным сообществам.

Почти вот-вот...
Профессионально это был очень требовательный для меня год, но кажется я вполне справилась. Надеюсь, что 2025 будет годом баланса, когда я научусь снова находить время на все.

Желаю в 2025 всем, чтобы внутри и снаружи был мир и баланс. Помните, что миром управляют не мудаки, а потоки ионов водорода и других молекул.
Всех обнимаю. Всем сил и побольше времени с людьми и действиями, которые радуют.
Ека

Ну-ка, кто работал в науке, а потом ушел в околонаучное, признавайтесь:
Бывает ли у вас такое, что вы приходите на конференцию, или общаетесь с кем-нибудь, кто ещё в науке, или попадается вам статья, а там ТО, что вы подозревали во время своей работы. Но не сделали/ или не опубликовали.

Вчера на конфе увидела постер, который объясняет вероятную функцию того белка, который я изучала во время аспирантуры.
Он, зараза, как оказалось, не зря у меня там тусил вместе с нормальным комплексом, который чинит ДНК после повреждения.
В этом нормальном комплексе один из белков оказался ещё и связанным с разрушением других белков (этот процесс называется протеосомной деградацией). Буквально недавно функция была описана).
Так вот, и у моего белка первоначально функция была описана именно в этом процессе! И я почти точно уверена, что после того, как он проворачивал свои действия, заставляя белки на месте повреждения сменять друг друга, он потом эти же белки потом и уводил на смерть в протеасому.

Но увы, моему шефу это было не интересно.

А я почти точно уверена, что в результатах, которые опубликует аспирантка, с которой я разговаривала вчера, будет где-то мой вредный белок.

Когда проходят такие огромные конференции как ASH, то реклама поражает. Вот, даже Lyft с рекламой для гематологов!

Но мы не такие, у нас только академическая наука 💅

Бхахахаха!!!
Сладкая месть!

Помните историю про этого замороженного щенка?
Вот вам ещё одна — про котенка саблезубого тигра
https://www.nature.com/articles/s41598-024-79546-1

Оооо, смотрите какое крутое видео!
Исследователи засняли, как происходит овуляция в реальном времени. Правда, у мыши. Но на самом деле, мы так мало знаем об этих процессах, что даже и мышиная очень многое даёт.
https://www.nature.com/articles/s41556-024-01524-6
Сама статья тут.

Йееее!
Нобелевка за микроРНК — приятно особенно, потому что относится напрямую к моей нынешней работе!

Это такие маленькие РНК, которые таятся по геному, и когда экспрессируются (то есть синтезируются по затравке тех самых последовательностей в геноме), то могут регулировать то, как работают другие гены.

Очень скучаю по дому, но в особенности по природе.
Юг Дальнего Востока — это такая шикарная смесь. У нас есть и типичные виды умеренной полосы, вроде лис, медведей и волков, но и исключительно азиатские виды, вроде амурского тигра, харзы (водится и в Юго-Восточной Азии), и вот трионикса. Не знала, что его осталось так мало в этих краях. Хорошо, что забота об этом виде продолжается. Жду репортаж!

Школьники в Хабаровском крае спасают гнезда дальневосточной черепахи

В Хабаровском крае в селе Иннокентьевка школьники несколько лет назад занялись изучением и сохранением дальневосточной черепахи, которую еще называют китайским триониксом. Сколько их в крае — неизвестно, но экологи отмечают до 30 самок. Дети оберегают яйца рептилий от наводнений и разорения хищниками.

Проект спасения дальневосточной кожистой черепахи начали еще в 2018 году. С тех пор методика сильно изменилась. Раньше вместе со своими учениками из экологического кружка Дмитрий Кришкевич собирал яйца, переносил их в инкубатор, потом ждал появления на свет черепашат, кормил червями и выпускал их.

Теперь экологи действуют иначе. Кладки с яйцами переносят на искусственные насыпи, прикапывают. Как рассказал «НеМоскве» преподаватель, их создали именно на том месте, где всегда гнездились черепахи.

«Мы специально не стали делать в другом месте. Сейчас наша насыпь огорожена забором. Но в период гнездования мы его убирали и черепахи сами закапывали там кладки. Некоторые, которые были ниже и могли затонуть, мы переносили туда сами. Ну и удобно, что это совсем недалеко от села —- можно наблюдать за малышами часто», — говорит Кришкевич.

У экологов при поддержке предпринимателей и организации «Заповедное Приамурье», которая управляет заповедниками в Хабаровском крае, появилось специальное оборудование. С его помощью они определяют температуру в грунте, ведут наблюдения. Все яйца измеряют, взвешивают. Будущий черепашонок может быть от 2 до 7 граммов.

Температура для вылупления очень важна. Например, на одной из насыпей, больше прикрытой от ветра, температура на 5-6 градусов больше, чем на той, на которой мы находимся вместе с детьми в день очередного мониторинга — она расположена с левой стороны села. На более теплой стороне черепашата уже вылупились и ушли в воду — там было около 350 яиц.

А вот на более холодной стороне кладки оказались почти целыми. Экологи подождут еще недельку, и, возможно,заберут черепашат в инкубатор, а потом на зимовку в подпол.

«Они нормально переносят зиму в подвале. Кормить их нежелательно — чтобы не сбить природные ритмы. Ну и если она поест, а потом впадет в анабиоз, то еда начнет гнить, и животное погибнет. Так что сейчас посмотрим, как лучше поступить. Начинает холодать и сами они, скорее всего, не вылупятся», — объясняет Кришкевич.

Одного черепашонка принесли ребята — они нашли его на том самом, более теплом утесе. Своего подопечного они домой не будут забирать. Школьники торжественно проводили его в Амур. Дорогу к воде он знает.

«Понятно, что с ним может дальше уже что угодно произойти, — говорит Кришкевич. — Но мы что могли сделали. Спасли от паводка — вода хорошо поднималась в этом году. Спасли от разорения лисами, медведями. Так что дальше решит только природа».

Большой репортаж о дальневосточной черепахе, проекте школьников из Иннокентьевки, преподавателе Дмитрие Кришкевиче и их новых экологических проектах: скоро на «НеМоскве».

Фото, видео «НеМосква».

https://zookeys.pensoft.net/article/132318/ В статье описано несколько новых видов Фигней (типовой вид рода - Fignya melkaya). А еще есть Барабашка мелкая, описанная тем же энтомологом. (См. в Википедии)

Совершенно прекрасная фигня!

Я примерно миллион лет не писала ничего фундаментального, но вот новая статья для Элементов.ру.
https://elementy.ru/novosti_nauki/434261/Serotonin_napryamuyu_uchastvuet_v_kontrole_rosta_opukholey_golovnogo_mozga
Серотонин – это не только про кишки и настроение, но и еще про регуляцию того, как работают клетки опухолей мозга.

Пробовали ли вы когда-нибудь радиоактивные яйца?

Надеюсь, что нет, потому что это значит, что у вас не подозревают какие-то проблемы с продвижением пищи через желудок.
И оказалось, что для изучения этого используют радиоактивные яйца.
Есть прямо специальный протокол, как готовить радиоактивный омлет: завтрак состоит из скрэмбла, тоста, намазанного клубничным джемом и изотопа технеция 99Tc.
Потом надо будет делать снимки каждые несколько часов, чтобы смотреть, как еда продвигается по желудку.

Спасибо тикитоку за то, что подкидывает крутые видео.
Кстати, тут давали есть целые яйца, а приправа из радиоактивного технеция стоит 700 баксов... И никакого вкуса.

Люблю этот сабреддит про радиологию: во-первых, насколько удивительно человеческое тело, во-вторых, насколько крутыми стали технологии, что нам не надо обязательно резать человека, чтобы заглянуть ему внутрь.

Но есть одна болезнь, которая до сих пор мало научилась получать пользы от этих технологий..
Эндометриоз.

Думаю, женской части читателей объяснять не надо. По статистике 10 процентов женщин (а возможно и больше) страдает от этой фигни, когда выстилка матки начинает сходить с ума, и поселяться где попало в организме.
При этом она делится, отшелушивается в начале цикла и приносит невероятные ощущения ...

И тут вот пример эндометриоза в грудной полости! То, что врач додумался провести диагностику пациентке, а радиолог смог распознать эндометриозные бляшки — это вообще редкость. Обычно для диагностики нужна операция/лапароскопия.

В общем, как всегда топлю за женское здоровье и большее количество денег, которое в изучение его надо вносить.

https://www.science.org/content/article/bad-agar-killing-lab-yeast-around-world-where-it-coming
В Science история о том, что что-то убивает дрожжи в лабораторных условиях. Обычно я бы этому радовалась, потому что когда работаешь с клетками, то дрожжи — это враг. Но для тех, кто на дрожжах изучает всякие штуки, не смочь вырастить свою модель — это трагедия.
И эта история, что по-видимому какой-то компонент агара стал убивать дрожжи в лабораториях по всему миру, меня беспокоит и как ученого, и как специалиста, который работает в компании-производителе всяких штук для лаборатории.
Для нас нет ничего хуже подозрения, что что-то случилось с нашим товаром, и это тратит не только лишние деньги, но и время учёных.
Так что надеюсь, что эта история началась как-то решится в положительную сторону. И хорошо, что мы агар не продаем 😅

Очень интересный график распределения популярных специальностей, которые выбирают американские студенты.
Биология аж на пятом месте, а раньше была на 4-м!

Еда, конечно, на нас влияет, но чтобы через микроРНК еды в принципе регулировалось развитие (пусть и у других видов) — это вообще взрыв мозга!

Ребята, это совершенный огонь! Я до сих пор пищу с работ по древней ДНК, что ее хотя бы можно прочитать. А тут ещё более огонь — древний хроматин, то есть древняя эпигенетика. И это с учётом того, что на современных образцах это иногда сделать сложно.
А тут учёные поняли, как в трехмерном пространстве устроена ДНК мамонта, умершего 50 с лишним тысячи лет назад.
Что в этом прекрасного? Мы знаем больше, как работали гены мамонта, а не просто то, какие у него были.
РНК — это для палеогенетики вообще невозможно, а вот ДНК сохраняется гораздо лучше.
Ещё один такой подход — исследование метилирования ДНК, которое отражает, какие части генома работали, а какие нет. Но это тоже встречается очень редко.

И наконец отдельно я пищу, что коллеги с родного ицига поучаствовали в этом исследовании.
Курс Елены Александровны — один из самых запоминающихся со всего генетического потока.
Короче, огонь! Постараюсь написать более подробную статью позже, как вернусь из командировки.

Международная исследовательская группа восстановила 3D-структуру хроматина шерстистого мамонта возрастом 52 000 лет, найденного в Якутии. Это впервые было выполнено для образца древней ДНК. Результаты дают представление о том, какие гены были активны в клетках кожи мамонта, а также делают возможной сборку генома на уровне хромосом.

​«Сам или помогли? Как криминалисты раскрыли 50 „идеальных“ убийств» — емкая и в то же время подробная энциклопедия криминалистики. В книге не только рассказывается об особенностях криминалистической экспертизы, но и приводятся примеры их использования в раскрытии убийств, которые, казалось бы, раскрыть невозможно.

Оценка «Биомолекулы»: 8/10

Кому подойдет: тем, кто начинает интересоваться жанром «тру-крайм».

Читайте на сайте.

Автор: Екатерина Грачева

#Биомолекула_рецензия

Ой, это же я пишу, на мою любимую тему тру-крайма и криминалистики!

M.I.A. выпустила коллекцию одежды из фольги с защитой от 5G

В коллекции ее бренда Ohmni — одежда и аксессуары из фольги, которые должны спасти от 4G, 5G и Wi-Fi-излучения. Представлены и мужские трусы, ткань которых "на 80% состоит из чистого серебра". Они "защищают тестостерон и повышают фертильность".

"Первый стритвир в современную информационную эру. Предлагаем защиту всем, кто ее ищет", — говорится в соцсетях бренда. Эти вещи должны "сохранить вашу конфиденциальность, автономию и права на ваше тело и ваши данные", защитить от бактерий. Они описаны как "доспехи современного рыцаря в эпоху современной технологической войны".

Цены такие: панама — 100 долларов, сумка — 200 долларов, платье и пуховик — по 400 долларов.

M.I.A. и раньше поддерживала теории заговора: например, говорила о связи 5G и ковида.