Руководство округа было поделено между мюдюрем (главой муниципалитета) и меджлисом (советом). Первым мюдюрем стал Камиль Бей, имевший значительный опыт: он работал в министерстве иностранных дел, носил орден Почетного легиона и участвовал в организации Османского павильона на Всемирной выставке в Париже (1856).
Меджлис включал семерых представителей, среди которых обязательно должны были быть два грека, один армянин и два мусульманина. Членами совета могли стать только люди, владеющие недвижимостью в Пере (греческое название района) и прожившие в Стамбуле не менее десяти лет.
Для работы муниципалитета были привлечены четыре иностранных консультанта, которых утверждал кабинет министров Османской империи (Диван). Власти округа управляли ремонтом зданий, работой рынков, поддержанием правопорядка через вооружённые отряды и другими сферами. У Перы была своя почта, суд, тюрьма и собственный бюджет, что позволяло ей существовать автономно.
К 1868 году Пера превратилась в своеобразный город-государство в центре Стамбула. Европейские путешественники сравнивали её с независимыми торговыми республиками Европы. Привилегированный статус привел к тому, что обитатели Галаты часто выражали недовольство султану, а размер налогов в Пере был значительно ниже, чем в других районах города. Некоторые налоги отсутствовали вовсе, так как немусульмане, находившиеся под покровительством европейских посольств, отказывались их платить.