NeuroSyntax

❗️❗️❗️ درود دوستان، این برنامه به دلیل کسالت مهمان این هفته برگزار نخواهد شد.❗️❗️❗️

درود به همگی دوستان

در جلسه این هفته "حیات چیست" که امروز ساعت شش بعد از ظهر برگزار خواهد شد به بررسی منشا حیات خواهیم پرداخت. آسیه علیخواه، پژوهشگر ژنتیک در پژوهشگاه بیوتکنولوژی TeloGenomic تورنتو کانادا، با تکیه بر کتاب The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life یکی از دیدگاه های چگونگی آغاز حیات را روایت خواهد کرد.

این جلسه بسیاری از مفاهیمی که در جلسات گذشته کار کردیم رو به هم پیوست خواهد داد برای نمونه انتروپی، انرژی آزاد، واکنش های خودبخودی و ....

#neurosynatax

درود به همگی دوستان و همراهان

ما تاکنون چهار جلسه از مجموعه "حیات چیست" رو برگزار کردیم. در این چهار جلسه کوشش کردیم مبانی ای رو بحث کنیم که در طی جلسات به اونها نیاز داریم. بدون شک ساختار و محتوای جلسات کوتاهی هایی داشته که امکان بهتر شدن داره.

اگر در جلسات شرکت کردید و یا فایل های آفلاین رو تماشا کردید دیدگاه های خودتون درباره جلسات رو زیر این پست قرار بدید. بر مبنای این دیدگاه ها برنامه ریزی ما تغییر خواهد کرد.

یکی از چیزهایی که داریم بررسی میکنیم تغییر کتاب انتخاب شده است. ما قرار بود کتاب Understanding Understanding رو در کنار هم بخونیم که در واقع مجموعه ای از مقالات هستن که بر پایه کنفرانس های سیبرنتیک نگاشته شدن. اما با توجه به بازخورد ها فکر میکنیم شاید این کتاب انتخاب مناسبی برای شروع مسیر نباشه. لیست دیگری از کتاب های مورد به پرسش اصلی "حیات چیست" جمع آوری کردیم که از میان آنها میخوایم انتخاب کنیم. دیدگاه های شما بسیار به ما کمک میکنه انتخاب درست تری انجام بدیم.

در کنار جلسات اصلی که یکشنبه ها برگزار خواهد شد ما سعی میکنیم درسگفتارهایی هم درست کنیم که کوتاه هستند و اطلاعاتی تکمیل کننده در رابطه با جلسات اصلی به شما میدن.

تمام این کوشش ها برای آشنایی مخاطب های فارسی زبان با گفتمان جریان های مهم علم در تاریخ اندیشه است. در نتیجه همراهی فعال شما بسیار ارزشمنده.

📌آزمایشگاه NeuroInk با همکاری انجمن علمی‌ دانشجویی زیست‌شناسی برگزار می‌کند:

🧠هفتمین جلسه ژورنال کلاب علوم اعصاب

📄موضوع:
Selecting one among the many

🧾لینک مقاله ها:
https://dl.acm.org/doi/abs/10.5555/889283

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3836989/

https://ieeexplore.ieee.org/document/730558

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10788654/

https://www.nature.com/articles/35058500

🗣 ارائه‌دهنده: ارشیا احمدزاده(دانشجوی کارشناسی زیست شناسی سلولی و مولکولی)

👨‍⚕️با نظارت سیدجواد ساغروانیان (پژوهشگر پسادکتری علوم اعصاب)

🕒 زمان: یکشنبه 23 ام دی‌ماه، ساعت 12 الی 14

🏢 مکان: دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده علوم پایه، کلاس 24

📧 برای عضویت در آزمایشگاه، رزومه و انگیزه نامه خود را به آدرس ایمیل آزمایشگاه ارسال فرمائید.

📩 ایمیل: [email protected]

📶 راه ارتباطی با ما: @Arefhzd


📱نورواینک (NeuroInk Lab)
تلگرام | اینستاگرام | توییتر(ایکس)

📱انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی
تلگرام | اینستاگرام

مبانی نظریه اطلاعات شانون

برای جلسه فردا "حیات چیست" تماشای ویدیو "مبانی نظریه اطلاعات شنون" رو پیشنهاد میکنم.

#neurosyntax

در این جلسه "حیات چیست؟" درباره مفاهیم مهمی چون مکانیک آماری، خودسازماندهی، و ذرات فعال صحبت خواهیم کرد.

خودسازماندهی به عنوان یکی از ویژگی های بنیادینی نگریسته میشد که موجود زنده رو از غیرزنده جدا میکرد. هر چند امروز میدونیم این ویژگی کافی نیست و مختص موجود زنده هم نیست (؟)، اما همچنان این فرآیند به عنوان یک ویژگی مهم از موجود زنده به حساب میاد.

با تکیه بر مفاهیم ترمودینامیک که جلسه پیش یاد گرفتیم، به سراغ ارائه یک تعریف فرمال از خودسازماندهی میریم.

سپس این فرآیند رو در دنیای اطراف جستجو میکنیم که ما رو به ذرات فعال میرسونه. توضیح خواهیم داد این ذرات چه هستند و چطور این سیستم های ساده تر به فهم حیات در فرم های پیچیده تر کمک میکنند.

https://t.me/c/2357905230/97

آغاز ثبت نام گام سوم دوره جامع "مقدمه ای بر سیبرنتیک"

گام سوم: مسائل بنیادین سیبرنتیک

لینک ثبت‌نام در گام سوم


این گام به صورت 8 ساعت درسگفتار در 4 جلسه است که در نرم‌افزار زوم برگزار می‌شود.

فیلم جلسات بلافاصله پس از کلاس در اختیار دانشجویان قرار می‌گیرد.

علاوه بر این 8 ساعت، تعدادی درسگفتار و مطالب تکمیلی در اختیار دانشجویان قرار خواهد گرفت.



توجه: برای تسهیل دسترسی علاقه‌مندان به شرکت در این دوره، دانشجویانی که پیش‌ از برگزاری جلسات آنلاین ثبت‌نام کنند، می‌توانند با کد تخفیف زیر از 70% تخفیف برخوردار شوند.

🔽🔽
کد تخفیف: DY403



سرفصل‌های گام سوم

نقشه راه دوره جامع "مقدمه ای بر سیبرنتیک"

همچنین دوستانی که علاقه مند به شرکت در گام های قبلی هستند می توانند از لینک زیر ثبت نام کنند.

لینک ثبت‌نام در گام اول(نگاهی تاریخی به سیبرنتیک)
لینک ثبت‌نام گام دوم(شرحی بر سیستم‌های کنترل)

@the_maze2022

📌آزمایشگاه NeuroInk با همکاری انجمن علمی‌ دانشجویی زیست‌شناسی برگزار می‌کند:

🧠ششمین جلسه ژورنال کلاب علوم اعصاب

📄موضوع: Fundamental components of attention
🧾لینک مقاله: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17417935/
🗣ارائه‌دهنده: زهرا ابوالحسنی(دانشجوی کارشناسی ارشد فیزیولوژی)
👨‍⚕️با نظارت سیدجواد ساغروانیان (پژوهشگر پسادکتری علوم اعصاب)

🕒زمان: یکشنبه 16 ام دی‌ماه، ساعت 12 الی 14
🏢مکان: دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده علوم پایه، کلاس 13

📧 برای عضویت در آزمایشگاه، رزومه و انگیزه نامه خود را به آدرس ایمیل آزمایشگاه ارسال فرمائید.
📩 ایمیل: [email protected]
📶 راه ارتباطی با ما: @Arefhzd


📱انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی
تلگرام | اینستاگرام

📱نورواینک (NeuroInk Lab)
تلگرام | اینستاگرام | توییتر(ایکس)

📌آزمایشگاه NeuroInk با همکاری انجمن علمی‌ دانشجویی زیست‌شناسی برگزار می‌کند:

🧠پنجمین جلسه ژورنال کلاب علوم اعصاب

📄موضوع: Salience, relevance, and firing: a priority map for target selection
🧾لینک مقاله: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16843702/
🗣ارائه‌دهنده: زینب نصرت طلب حقی(دانشجوی کارشناسی زیست شناسی سلولی و مولکولی)
👨‍⚕️با نظارت سیدجواد ساغروانیان (پژوهشگر پسادکتری علوم اعصاب)

🕒زمان: سه شنبه 11 ام دی‌ماه، ساعت 12 الی 14
🏢مکان: دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده علوم پایه، کلاس 24

📧 برای عضویت در آزمایشگاه، رزومه و انگیزه نامه خود را به آدرس ایمیل آزمایشگاه ارسال فرمائید.
📩 ایمیل: [email protected]
📶 راه ارتباطی با ما: @Arefhzd


📱انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی
تلگرام | اینستاگرام

📱نورواینک (NeuroInk Lab)
تلگرام | اینستاگرام | توییتر(ایکس)

این جلسه از 5 دقیقه دیگه آغاز میشه

سخنی درباره جلسات "حیات چیست؟"

مجموعه نشست‌های «حیات چیست» با هدف خواندن، پژوهیدن، و به اشتراک‌گذاری دانسته‌ها درباره چیستی موجودات زنده و حیات شکل گرفته است. این نشست‌ها یک «راه» پژوهشی را آغاز می‌کنند، برای کاویدن و اندیشیدن. عنوان نشست‌ها روشنگر نگاه میزبان ها است که دو ویژگی بنیادی از موجود زنده «کنش‌گری» و «شناخت» است که حتی در ساده‌ترین موجودات زنده به شکل فرایندهای زیستی جای گرفته‌اند. این بیشتر یک انگاره (تئوری) است. مانند هر انگاره دیگری، ممکن است نقطه‌ای برای فروپاشی وجود داشته باشد که تنها با مشاهده و پژوهش می‌توان آن را آشکار کرد.

مهم تر از درستی یا نادرستی این انگاره، مسیر اندیشه ای است که کوشش میکند زبان علمی دقیقی را پدید آورد که پژوهش درباره این انگاره را شدنی کند. پرسش درباره حیات در طول تاریخ همواره برای ما دیدگاه‌ها و ابزارهای اندیشه ای تازه‌ای به ارمغان آورده که جریان سازِ فهمِ نسبت ما با جهان پیرامون خودمان بوده است. این دستاوردهاست که فهم این ابزارهای اندیشه ای را بیش از اثبات درستی پیش فرضی که این ابزارها بر مبنای آن شکل گرفته مهم میسازد. (کافی است به دستاوردهای اندیشه‌ی سیبرنتیک نگاهی بیندازید تا ببینید این پرسش چگونه فناوری‌های امروزین، از نظریه کنترل تا شبکه‌های عصبی، را ممکن کرده است).

دهه‌هاست به این نتیجه رسیده‌ایم که زبانی که درباره حیات سخن می‌گوید، تقسیم‌بندی علم بر اساس دنیای مدرن را نمی‌پذیرد و این مرزها را کنار می‌زند. این نقطه‌ای است هیجان‌انگیز و دهشتناک. هیجان انگیز چون مرزهای پژوهشی مختلف را باید درنوردید و آزادتر اندیشید و دهشتناک زیرا که حرکت میان همه این دانسته ها کار دشواری است و از نگاه کسانی که در ابتدای این مسیر هستند ممکن است غیرممکن باشد. اما اگر سراسیمه بدنبال نتیجه گرفتن نباشیم و بدانیم که ارزش این مسیر، به هر اندازه که در آن بتوانیم گام برداریم، ایجاد ساختار اندیشه ای نوینی درون ماست، این مسیر را آسان تر آغاز میکنیم.

چشم‌انداز این نشست‌ها فراهم کردن بستری برای پایه‌ریزی این ساختار اندیشه‌ای نو در میان فارسی‌زبانان است. اما برای کسانی که این نشست‌ها را دنبال می‌کنند، پیشنهاد می‌کنم تنها به شنیدن آن بسنده نکنند. آنچه را می‌شنوید به چالش بکشید، درباره آن بیشتر بخوانید، و این راه را برای خودتان شخصی‌سازی کنید. نشست‌ها را می‌توان به مثابه چراغی دید که بر برخی خطوط دانش بشری نور می‌تاباند تا آنها را برجسته‌تر کند و شما را علاقه‌مند کند که این بخش‌ها را بیشتر بخوانید. این خطوط، گزیده‌ای از راه اندیشه میزبان هاست و بی‌گمان همه ماجرا را در بر نمی‌گیرد. از همین رو، لازم است که راه خودتان را بسازید.

جلسه سوم این بوک کلاب فردا(یکشنبه 9 دی ماه) ساعت 18 در کانال تلگرامی زیر برگزار می‌شه.

لینک کانال بوک کلاب

توی این جلسه به شرح جایگاه مفاهیمی مثل انرژی، ماشین‌های گرمایی و واکنش‌های شیمیایی در مطالعه حیات خواهیم پرداخت.



@The_maze2022

این گروه تلگرام در راستای جلسات یکشنبه درباره چیستی حیاته. در گروه امکان تبادل دانش با ما و سایر اعضا رو دارید و میتونید پرسش های خودتون درباره جلسات رو بپرسید تا آفلاین بحث کنیم. برای کسانی که جدی این پرسش رو دنبال میکنن، این گروه محیط پربازده ای خواهد بود.

دعوت‌نامه برای عضویت در گروه مطالعاتی و پژوهشی: "حیات چیست؟ کاوشی درباره ادراک، عاملیت و آزادی"

ما در تلاش هستیم تا گروهی از افراد دغدغه‌مند را گرد هم آوریم تا درباره یکی از اساسی‌ترین پرسش‌های بشر به بحث و تبادل نظر بپردازیم: "حیات چیست؟"
این گروه به دنبال بررسی مفاهیمی چون ادراک، عاملیت و آزادی است و تلاش دارد تا این مفاهیم را از زوایای گوناگون علمی و فلسفی بررسی کند.


اهداف گروه:
• ایجاد محیطی برای بحث‌های عمیق و میان‌رشته‌ای.
• تقویت اندیشه نقادانه و خلاقانه در مواجهه با پرسش‌های اساسی.
• به اشتراک‌گذاری منابع و ایده‌ها برای توسعه درک بهتر از مفاهیم کلیدی.
• تعریف و برنامه ریزی برنامه‌های پژوهشی مشخص حول محور پرسش مرکزی.
• انتشار نتایج برجسته فعالیت‌های گروه در قالب کتاب، مقاله یا جستار.

اگر شما نیز به این پرسش‌ها علاقه‌مندید و تمایل دارید در یک فضای پویا به بحث و گفتگو بپردازید، از شما دعوت می‌کنیم تا برای عضویت در گروه، یک انگیزه‌نامه ارسال کنید. این گروه تنها مختص افرادی است که به مشارکت فعالانه در گفتگوها تعهد دارند.

شرایط عضویت و نحوه ارسال انگیزه‌نامه:

1. محتوای انگیزه‌نامه:
• پرسش‌های اساسی‌ای که درباره مفهوم حیات، ادراک، عاملیت یا آزادی دارید، چیست؟
• چگونه درباره این پرسش‌ها فکر می‌کنید و چه دیدگاه‌هایی دارید؟
• چرا علاقه‌مندید که به این گروه بپیوندید؟
• چه انتظاراتی از مشارکت در این گروه دارید؟

2. ساختار انگیزه‌نامه:
• حداقل یک صفحه و حداکثر سه صفحه نوشته شده با فونت 12 - فاصله خطوط تک فاصله

3. مهلت ارسال: هر زمان که بخواهید میتوانید انگیزه نامه را برای شرکت در گروه ارسال کنید.

4. ارسال انگیزه‌نامه: انگیزه‌نامه خود را به آیدی @Poria_Azadi ارسال کنید. در انگیزه نامه لینک اکانت تلگرام خود را قرار دهید.

پس از بررسی نوشته‌ها، افرادی که واجد شرایط هستند، به گروه دعوت خواهند شد.

—————————————————————————————

آموزش دسترسی به جلسات ضبط شده

—————————————————————————————

لینک گروه های تلگرامی مرتبط:

The Maze ( ماز)

نوروسینتکس

جلسات کتاب خوانی تلسی

لینک کانال های یوتیوب مرتبط:

ماز

نوروسینتکس

@the_maze2022

NeuroSyntax pinned «❗️❗️❗️ آگهی: - این هفته جلسه آزمایشگاه نوروسینتکس نخواهیم داشت. - با توجه به اینکه به پایان مقاله نخست آزمایشگاه نزدیک میشیم، اگر علاقه مند هستید مقاله بعدی آزمایشگاه رو شما آموزش بدید پیام بذارید. ❗️❗️❗️»

❗️❗️❗️
آگهی:

- این هفته جلسه آزمایشگاه نوروسینتکس نخواهیم داشت.

- با توجه به اینکه به پایان مقاله نخست آزمایشگاه نزدیک میشیم، اگر علاقه مند هستید مقاله بعدی آزمایشگاه رو شما آموزش بدید پیام بذارید.

❗️❗️❗️

آزمایشگاه نوروسینتکس - قسمت 5 - Scientific Figures - بخش دوم

موضوع این قسمت:
چطور تصاویر علمی با کیفیت تولید کنیم؟
آموزش تولید تصاویر مقاله در پایتون و پردازش تصاویر ژورنالی در Adobe Illustrator

کانال تلگرام:
https://t.me/Neuro_Syntax

برای اعضای کانال نوروسینتکس، کارگاه ۳۵ درصد تخفیف داره.

🔷 انجمن علمی مغز و شناخت دانشگاه تهران برگزار می‌کند:

👨🏻‍💻 مقدمه‌ای بر مصورسازی داده با زبان برنامه‌نویسی R

👤 مدرسین:
رسول معماری (ارشد روانشناسی عمومی دانشگاه تهران)
حامد رحمانی (فارغ‌التحصیل روانشناسی عمومی دانشگاه تهران)

📅 زمان:
۴شنبه‌، به مدت ۲ جلسه (۵ و ۱۲ دی ماه)
ساعت ۱۴ الی ۱۶:۳۰

📍محل:
دانشکده روانشناسی و علوم تربیتی دانشگاه تهران، طبقه‌ی همکف، اتاق ۱۳۵

📌سرفصل‌های دوره:
استفاده از زبان‌های برنامه‌نویسی در تحلیل داده
آشنایی با زبان برنامه‌نویسی آر
آشنایی با فضای آر استدیو
آشنایی با ساختار داده در آر
آشنایی با پکیج‌های کاربردی
تمیز کردن داده در آر
رسم نمودارهای:
-Scatter Plot
-Density Plot
-Ridgeline Plot (Joyplot)
-Bar Plot
-Mean/SEM Plots
-Box Plot
-Violin Plot

✅ همراه با حل تمرین و رفع اشکال

📃 اعطای گواهی معتبر از طرف انجمن علمی مغز و شناخت دانشگاه تهران

💳 هزینه‌‌ی ثبت‌نام: ۳۰۰ هزار تومان

✍ جهت ثبت‌نام و کسب اطلاعات بیشتر به شناسهٔ زیر در تلگرام پیام دهید:
@BrainCognition_UT

@UT_Brain_Cognition

جلسه آرش هم جلسه مهمی خواهد بود. اگر علاقه مند به بحث تقلیل گرایی در علم و آثارش و یا طراحی دارو هستید در جلسه شرکت کنید. شوربختانه جلسات همزمانی دارن چون به طور مستقل برنامه ریزی شدن. هر دو جلسه از نگاه من مهم هستن. انتخاب شرکت با شما.

📚 ژورنال کلاب آنلاین انجمن INRP

📑 Is Target-Based Drug Discovery Efficient? Discovery and "off-Target" Mechanism of All Drugs.

✍️ با توجه به بازخوردهای گرفته شده از ژورنال کلاب حضوری این مقاله، دکتر آرش صدری این بار در جلسه ای آنلاین به ارائه این مقاله خود دربارۀ تقلیل‌گرایی، رویکرد غالب حال حاضر در علوم مختلف از جمله علوم اعصاب، می‌پردازند. قابل توجه است که با حدود 20000 بازدید، این مقاله از پرخواننده‌ترین مقالات انتشارات ACS بوده و حتی در وبسایت مجلۀ Science مورد بازخورد خبری قرار گرفته است.

⏰ یکشنبه ۲ دی ۱۴۰۳، ساعت ۱۸

📍به صورت آنلاین
لینک دقایقی قبل از جلسه در کانال قرار خواهد گرفت.

شرکت در این ژورنال کلاب برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک مقاله

🌐 لینک مقالۀ خبری در وبسایت مجله Science

🖇 دانلود رایگان مقاله


🧠 @NeuroINRP
🧠 Discussion Group
🆔 @SSRC_News

پیشنهاد میکنم در جلسه امروز کاوشی در حیات شرکت کنید. موضوعات بنیادی و مهمی رو پوشش خواهیم داد.

جلسه ساعت شش برگزار خواهد شد.

جلسه در تلگرام برگزار خواهد شد. برای شرکت در جلسه وارد کانال تلسی شوید:

جلسات خوانش و بررسی کتاب

این جلسه در ادامه جلسه گذشته خواهد بود. میخوام کدهای پایتونی که برای تصویر اول مقاله نوشتم رو به اشتراک بذارم و تصاویر رو ذخیره کنیم و بعدش در Adobe Illustrator پردازش کنیم تا به یک تصویر ژورنالی برسیم.

‼️

جلسه آزمایشگاه نوروسینتکس رو فراموش نکنید. شنبه ساعت ۶

‼️

❗️❗️❗️❗️❗️❗️❗️

به دلیل مسائل فنی جلسه امروز در لایو تلگرام برگزار خواهد شد. برای شرکت در جلسه وارد کانال تلسی شوید:

جلسات خوانش و بررسی کتاب

به دلیل مسائل فنی جلسه امروز در تلگرام برگزار خواهد شد. برای شرکت در جلسه وارد کانال تلسی شوید:

جلسات خوانش و بررسی کتاب

یکی از پرسش های بنیادین در علم و فلسفه این است که حیات چیست؟ موجود زنده چه ویژگی هایی دارد که آن را از غیرزنده جدا میکند؟ چطور میشود با رویکردی طبیعت گرایانه به این پرسش پاسخ داد که حیات چطور بر روی زمین ایجاد شده است؟

رویکردهای کلاسیک فیزیک و زیست شناسی محدودیت های بسیاری برای پاسخ گویی به این پرسش دارند. برای فهم این محدودیت ها باید از مسیر فهم چارچوب های فکری این علوم عبور کرد و آنها را شناخت. برای پیدا کردن راه نجات هم باید چارچوب های جدیدی را تعریف کرد. بخش بزرگی از بنیان های محدود کننده فیزیک کلاسیک آنها هستند که ادعا میکنند جهان (از جمله موجودات زنده) با مجموعه مشخصی از قوانین جهان شمول هدایت میشوند که میشود این قوانین را با زبان واحدی در شکل ریاضیات توصیف و بررسی کرد. در این میان پیش فرض های بزرگی هم داریم مانند تقارن، بسته یا ثابت بودن فضای حالات جهان، دترمینیستیک بودن جهان و ...

زیست شناسی پساداروینی و بخصوص علوم مولکولی از دریچه دیگری اما داگما های جدی ای را ایجاد کردند که شاید بزرگترین آنها این باشد که "ژن" کنترل کننده فنوتیپ های یک موجود زنده است.

طی چند صد سال گذشته دانشمندانی بودند که با این رویکردهای داگماتیک مخالف بودند اما حرفشان را کمتر شنیده ایم. این دانشمندان جایگزین هایی ارائه میکنند که در عین حال که طبیعت گرایانه است اما فروکاست گرایانه نیست.

در مجموعه جلسات جدیدی که درباره چیستی حیات برگزار میکنیم بحث خواهیم کرد که چرا فیزیک کلاسیک (دینامیک نیوتنی و کوآنتوم) در توضیح حیات ناتوان است و چاره ای جز فروکاستن حیات به مجموعه ای دترمینیستیک از قواعد شیمی-فیزیکی ندارد زمانی که همسایه این علوم ترمودینامیک حرف های دیگری برای گفتن دارد. درباره این خواهیم گفت که چرا ژن کنترل کننده رفتار نیست و چطور ژن فضای امکانات را مشخص میکند در حالی که ارگانیسم در ارتباط با محیط این فضای امکان را واقعیت میبخشد. به بیان دنیس نوبل میشود حتی گفت ارگانیسم رفتار ژن را کنترل میکند و شبکه ژنی یک طرح برنامه نویسی شده برای فنوتیپ های جاندار نیست. در واقع اصلا برنامه نیست.

It’s time to admit that genes are not the blueprint for life

برای فهم حیات باید استعاره ماشینی بودن جهان را کنار گذاشت. فیزیک کلاسیک به ما این ایده را داده که هر آنچه بررسی کرده اصل جهان بوده و آنچه را نمیتوانسته توضیح بدهد جزو استثناهاست. اما به بیان الیا پروگژین داستان برعکس است. فیزیک کلاسیک فقط استثناهای ایده آل را به ما داده و کمتر درباره پیچیدگی های اصلی جهان هستی به خصوص موجود زنده به ما یاد میدهد و حال زمان مرگ این علوم رسیده است.

"Classical science, the mystical science of simple, passive world, belongs to the past, killed not by philosohical criticism or empirical resignation but by the internal development of science itself."

داگماهای کلاسیک این دو حوزه هر چند در توضیح برخی پدیده ها پیروز بوده، جزئیات اصلی مشاهدات ما را زیر قالی پنهان کرده و آنها را نادیده گرفته. در این مجموعه جلسات جدید درباره اندیشمندان و چارچوب های اندیشه ای بحث میکنیم که این پنهان کاری رو تاب نیاوردن. در این جلسات درباره استثنا دانشمندانی صحبت میکنیم که درباره بخش اصلی هستی با ما سخن میگن نه دانشمندان خط فکری متداول که درباره استثنا های هستی به ما گفتن.

با این توضیحات به ویدیو Paramecium aurelia که گذاشتم برگردید و حرکات آن را تماشا کنید. اگر علوم کلاسیک در ما نخورانده بودند، کدام یک از ما باور میکردیم که این موجود یک ماشین است؟

آزمایشگاه نوروسینتکس - قسمت 3 - UMAP

در مجموعه جلسات آزمایشگاه علوم اعصاب، تلاش می‌کنیم خود را جای پژوهشگران مقالات علمی قرار داده و پرسش‌ها و رویکردهای آن‌ها را نقد کنیم. با استفاده از داده‌های به اشتراک‌گذاشته‌شده، به روش‌های متنوع تحلیل داده‌ها آشنا می‌شویم. در این مجموعه، شما یاد می‌گیرید:

- تفکر نقادانه داشته باشید.
- پرسش‌های مناسب مطرح کنید.
- رویکردهای تحلیلی متناسب با پرسش‌های خود انتخاب کنید.
- تصاویر جذاب تولید کرده و مقاله بنویسید.

موضوع این قسمت:
آموزش پیاده سازی Dimensionality Reduction بر مبنای الگوریتم های UMAP در پایتون

Projecting high throughput data into high-dimensional spaces
Feature selection and Dimensionality Reduction
Manual feature selection (cell type classification)
Semi/unsupervised feature selection
Dimensionality reduction methods for unsupervised feature specification
Dimensionality reduction based on Distance Preservation
UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction
Distance measures
Dot product and correlation
Euclidean distance
Building a topological representation
UMAP Hyperparameters
Manifold learning
Improving Clustering Algorithms Using UMAP Dimensionality Reduction Technique
Limitations
Same data, different methods, different results

پیش‌نیازها:
مشاهده جلسات 1 تا 4 مجموعه Matrix Decomposition:
https://www.youtube.com/playlist?list=PLrG-ctUc94nfl3GmepmhouwHbarMXOSgx|

کانال تلگرام:
https://t.me/Neuro_Syntax

#neurosyntax #lab

درود به همگی دوستان

نوروسینتکس چندین سال هست که راه اندازی شده و پیش از اون هم با گروه "مسیر The Path" با بچه ها همراه بودم. برخی از بچه ها الآن بیش از 7-8 سال هست که محتوای تولید شده گروه ها رو دنبال میکنن. در هر مرحله ای از همراهی نوروسینتکس یا مسیر که هستید، در زیر این پست بنویسید که چطور این دو گروه به شکل گیری اندیشه و یا مسیر آموزشی-پژوهشی شما کمک کرده (اگر که کرده)؟ لطفا موارد مشخصی رو نام ببرید. هدفم این هست که از خلال این پیام ها با نوع اثرگذاری گروه هایی که بنیان گذاری کردم آشنا بشم و بدونم مسیر پیشرو رو باید چطور برنامه ریزی کنم.

سپاس

صفحه گتهاب آزمایشگاه نوروسینتکس رو راه اندازی کردم. میتونید کدهایی که در جلسات کار میشه رو از این مجموعه دریافت کنید:

https://github.com/NeurosyntaxAcademy/Neurosyntaxlab

#neurosyntax

NeuroSyntax pinned «درود دوستان. فردا و هفته آینده جلسات آزمایشگاه به صورت حضوری برگزار نخواهد شد. من کوشش میکنم ویدیو UMAP رو به صورت آفلاین ضبط کنم و در یوتیوب قرار بدم و بعدا براش یک جلسه پرسش و پاسخ هم خواهم گذاشت.»

درود دوستان. فردا و هفته آینده جلسات آزمایشگاه به صورت حضوری برگزار نخواهد شد. من کوشش میکنم ویدیو UMAP رو به صورت آفلاین ضبط کنم و در یوتیوب قرار بدم و بعدا براش یک جلسه پرسش و پاسخ هم خواهم گذاشت.

بسیاری از ویدیوهای قدیمی نوروسینتکس هم هنوز در یوتیوب بارگزاری نشده. با محدود شدن زمان من کمی دشوار شده پیگیری همه این مسائل. من همیشه علاقه مند بودم و هستم که نوروسینتکس با یک تیم بزرگ رشد بکنه. در نتیجه اگر علاقه مند هستید که فعال محتوا تولید بکنید یا محتواهای تولید شده رو سازمان دهی بکنید پیام بذارید.

دوستان اگر امکانش رو دارید کانال یوتیوب نوروسینتکس رو دنبال کنید چه جلسات رو آنلاین میبینید و چه آفلاین پیگیری میکنید. سابسکرایب کردن، لایک کردن و به اشتراک گذاری ویدیو ها کمک بزرگی به گسترش کانال میکنه. اگر درباره جلسات پرسشی هم دارید میتونید به صورت کامنت زیر پست های یوتیوب قرار بدید و من سعی میکنم پاسخ بدم.

اگر افرادی هستن که علاقه مندن و میتونن کاور جلسات رو در اینستاگرام نورسینتکس بذارین و اینستا رو کمی فعال تر کنن زیر این پست بگن. تنها کاری که کافیه بکنید اینکه کاور های یوتیوب رو بگیرید و بذارید اینستا + یک توضیح مختصر از ویدیو.

https://www.youtube.com/@neurosyntaxacademy/videos

آزمایشگاه نوروسینتکس - قسمت 2 - Support Vector Machines

در مجموعه جلسات آزمایشگاه علوم اعصاب، تلاش می‌کنیم خود را جای پژوهشگران مقالات علمی قرار داده و پرسش‌ها و رویکردهای آن‌ها را نقد کنیم. با استفاده از داده‌های به اشتراک‌گذاشته‌شده، به روش‌های متنوع تحلیل داده‌ها آشنا می‌شویم. در این مجموعه، شما یاد می‌گیرید:

تفکر نقادانه داشته باشید.
پرسش‌های مناسب مطرح کنید.
رویکردهای تحلیلی متناسب با پرسش‌های خود انتخاب کنید.
تصاویر جذاب تولید کرده و مقاله بنویسید.

موضوع این قسمت:
آموزش پیاده سازی Classification بر مبنای الگوریتم های Support Vector Machines در پایتون

آنچه در این قسمت خواهید آموخت:

Classification/Decoding/Statistical pattern recognition
Support Vector Machines - Mathematical foundation
Train-Test split to avoid overfit
Cross-validation
Hyperparameters
Hyperparameter Optimization
Assessing linear SVM feature weights in binary classifications
Kernel Methods (Tricks)
Radial basis function kernel
Hypothesis testing with randomization


کانال تلگرام:
https://t.me/Neuro_Syntax

#neurosyntax #lab

جلسه آینده درباره الگوریتم UMAP صحبت خواهیم کرد.

UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction

میتونید برای آشنایی اولیه مقاله زیر و ویدیوها رو ببینید:

Uniform manifold approximation and projection

Dimensionality reduction by UMAP to visualize physical and genetic interactions

ویدیو آموزشی

UMAP Dimension Reduction, Main Ideas!!!

UMAP: Mathematical Details (clearly explained!!!)

کاربردها در علوم اعصاب

WaveMAP for identifying putative cell types from in vivo electrophysiology

Topological analysis of sharp-wave ripple waveforms reveals input mechanisms behind feature variations

Analysis methods for large-scale neuronal recordings

همه جلسات ضبط و در یوتیوب بارگزاری میشه. لینک جلسه اول:

https://www.youtube.com/watch?v=l6VALqxAQ6s&lc=UgzB0IMWiBiE4oZQqGZ4AaABAg.AAxgnWSaAqgAAxnsZ0okzX

جلسه دوم هم بزودی قرار خواهد گرفت.

لینک شرکت در جلسات آزمایشگاه نوروسینتکس - جلسه دوم - Support Vector Machines

جلسه ساعت شش آغاز خواهد شد.

دوستانی که جلسه گذشته نبودن میتونن در این جلسه شرکتت کن چون مباحث مستقل هستن.

https://vanderbilt.zoom.us/j/95414398597

❗️❗️❗️❗️ جلسه دوم آزمایشگاه نوروسینتکس امروز (یکشنبه) ساعت شش به وقت ایران برگزار خواهد شد.

محتوای جلسه:

- Classification problem
- Support Vector Machine and Kernel Trick
- Cross-validation
- Hyperparameter Tuning
- Assessing Feature Weights

برای تمرین کدنویسی هم در پایتون یک دیتاست شبیه سازی میکنیم و تمامی بخش های برنامه نویسی SVM، پیدا کردن پارامتر های بهینه، تست آماری و ... را خواهم گفت.

علاقه مندان به آموزش دادن در آزمایشگاه نوروسینتکس گوش بسپارن. با سپاس

ویدیو ضبط شده جلسه

Self-organization, active matter and agency: why life is really different from inanimate matter

https://youtu.be/4Fp_pjsNesQ?si=G2XlOIShj1XRCuM2

آغاز ثبت نام گام دوم دوره جامع "مقدمه ای بر سیبرنتیک"

گام دوم: شرحی بر سیستم‌های کنترل

لینک ثبت‌نام گام دوم

این گام به صورت 8 ساعت درسگفتار در 4 جلسه است که در نرم‌افزار زوم برگزار می‌شود.

فیلم جلسات بلافاصله پس از کلاس در اختیار دانشجویان قرار می‌گیرد.

علاوه بر این 8 ساعت، تعدادی درسگفتار و مطالب تکمیلی در اختیار دانشجویان قرار خواهد گرفت.



توجه: برای تسهیل دسترسی علاقه‌مندان به شرکت در این دوره، دانشجویانی که پیش‌ از برگزاری جلسات آنلاین ثبت‌نام کنند، می‌توانند با کد تخفیف زیر از 70% تخفیف برخوردار شوند.

🔽🔽
کد تخفیف: AZR403



سرفصل‌های گام دوم

نقشه راه دوره جامع "مقدمه ای بر سیبرنتیک"

همچنین دوستانی که علاقه مند به شرکت در گام قبلی هستند می توانند از لینک زیر ثبت نام کنند.

لینک ثبت‌نام در گام اول(نگاهی تاریخی به سیبرنتیک)

@the_maze2022

درود،

درباره این فکر کردم شاید کمی بیشتر توضیح بدم بهتره. فرض کنید شما مجموعه از اندازه گیری ها (مشاهدات - داده) دارید از یک سیستم که در زمان تغییر میکنه (پویا هست). اما برای این مشاهدات یک مدل دیفرانسیلی مشخص ندارید. با این علاقه مند هستید برخی از ویژگی های دینامیکی سیستم رو تخمین بزنید. حالا پرسش من این هست که رویکردهای Data-driven برای چنین کارهایی چی هستن که در علوم اعصاب استفاده شده باشه و قابل قبول باشه.

برای نمونه در مثال پست قبلی من گفتم یکی از رویکردهایی که بهش فکر کردم (با ایده برداری از کارهایی که خوندم) اینکه من بیام توالی حالات سیستم رو از طریق Dimentionality reduction + HMM بدست بیارم و بعدش Transition Matrix مدل HMM رو به عنوان مدل احتمالی و خطی سیستم فرض بگیرم. اونوقت میشه به روش های مختلف برخی ویژگی ها رو استخراج کرد. برای نمونه فکر میکنم میشه روی Eigenvalue های این Transition Matrix کار کرد تا Fixed Point ها رو بدست آورد و بررسی کرد و یا میشه توزیع زمان حضور سیستم در هر کدوم از حالات تخمین زده رو بدست آورد و بر مبنای این توزیع بررسی کرد سیستم به چه سمت هایی حرکت میکنه.

برخی مقالات هستن که سعی کردن چنین کارهایی بکنن:
https://arxiv.org/abs/2202.09171

ولی در علوم اعصاب کمتر دیدم. در علوم اعصاب بیشتر دیدم که سابجکت رو در تسک هایی که مدل دیفرانسیلی داره بررسی میکنن که خب چون مدل وجود داره آنالیز هاش مشخص تره. مقالاتی هم یادم هست در علوم اعصاب خوندم (که الآن سایتیشن رو یادم رفته شوربختانه) که با K-means کلاستربندی میکنن و بررسی ها رو انجام میدن.

حالا هر مقاله جالبی که رویکردهای data-driven معرفی بکنه برام ارسال کنید. توجه کنید که قراره من این ها رو روی داده نورونی (مجموعه اسپایک گروهی از نورون ها) اعلام کنم در نتیجه باید برای این نوع داده سازگار باشه.

سلام دوستان،

من در حال کار روی پروژه‌ای هستم که هدفم استخراج ویژگی‌های دینامیکی سیستم، بدون استفاده از مدل‌سازی دینامیکی مستقیم هست. یکی از موضوعات مورد توجهم پیدا کردن Attractor States در داده‌هاست؛ یعنی بررسی این که آیا چنین حالت‌هایی در داده (من با داده‌های اسپایک مغز کار می‌کنم) وجود دارند یا نه، و اگر وجود دارند، چه ویژگی‌هایی دارند.

برای این کار چند مقاله پیدا کردم اما در مورد رویکردها هنوز مطمئن نیستم. چیزی که در ذهنمه اینکه ابتدا با یک رویکرد data-driven یک مدل ساده بسازیم. این مدل میتونه مبتنی بر Dimensionality Reduction (مثل PCA یا روش‌های دیگر) باشه. بعدش در فضای کاهش‌یافته جدید، حالت‌ها (states) رو با استفاده از روش‌هایی مانند کلاستربندی‌های ساده (k-means) یا رویکردهای پیچیده‌تر مثل Hidden Markov Model (HMM) یا Kalman Filter شناسایی کنیم.

بعد از شناسایی این حالت‌ها، میتونیم برای بررسی Attractor States مدت‌زمانی که سیستم در یک حالت خاص باقی میمونه رو تحلیل کنیم. این کار منجر به ساختن یک توزیع از مدت‌زمان حضور در هر حالت می‌شود. سپس میتونیم بررسی کنیم که آیا این توزیع غیرهمگن است یا نه و چه الگوهایی می‌توان از آن استخراج کرد.

سؤالاتی که دارم:
1. آیا این رویکردها را در مقالات علوم اعصاب دیدید؟ اگر بله، خوشحال میشم مقالات مربوطه رو برام ارسال کنید.
2. اگر راه‌حل‌های بهتری برای این کار وجود دارد، لطفاً به من معرفی کنید.
3. اگر با HMM یا رویکردهای مشابه کار کرده‌اید، لطفاً پیام بدید تا بتونم چند سؤال بپرسم.