С 1805 г. Иларион начал преподавать в Лаврской семинарии и со временем стал префектом.В 1809 г. он принял монашеский постриг и вскоре стал иеромонахом.
В 1810 г. его назначили настоятелем Николаевской Угрешсклй обители, а позже перевели в Московскую Знаменскую обитель.В 1812 г. Иннокентий получил должность преподавателя богословия и истории церкви в духовной академии Санкт-Петербурга и стал архимандритом. Через год он возглавил академию.
Архимандрит имел обыкновение изучать источники исторических фактов и проверять информацию. Он стал автором «Начертаниея церковной истории от библейских времен до XVIII в.» и ряда важных богословских произведений.В 1814 г. Иннокентий стал доктором богословия.
С 1813 по 1816 г. он управлял Сергиевой пустынью, а потом — Юрьевым монастырем.В 1817 г. архимандрит стал участником Главного правления народных училищ и членом Российской Академии.
Иннокентий выступал против популярного мистицизма.После того, как архимандрит одобрил к выпуску книгу Станевича «Плач на гробе младенца», его назначили епископом в Оренбург, фактически отправляя в ссылку. Ввиду слабого здоровья Иннокентия назначение изменили на Пензу.
Летом 1819 г. он заболел, а в октябре - умер и был похоронен в Спасском кафедральном соборе.