मिशनच्या स्थापनेनंतर लगेच मुंबईत परळ, देवनार, कामाठीपुरा अशांसारख्या भागांत त्यांच्यासाठी मराठी शाळा, उद्योगशाळा काढल्या. निराश्रित स्त्रियांची सेवा करण्यासाठी निराश्रित सेवासदन सुरू केले. शिंदे यांच्या भगिनी जनाबाई व वृद्ध आई-वडिल हे ह्या लोकांची सेवा करण्यासाठी त्यांच्या वस्तीत जाऊन राहिले. मुंबईबाहेर पुणे, मनमाड, अकोला, अमरावती, नागपूर, महाबळेश्वर तसेच भावनगर, हुबळी, धारवाड, बंगलोर, चेन्नई इ. ठिकाणी मिशनच्या शाखा काढल्या. मिशनच्या स्थपनेनंतर सहा वर्षांतच एकंदर १४ ठिकाणी २३ शाळा, ५५ शिक्षक, १,१०० मुले, ५ वसतिगृहे, अन्य १२ संस्था व ७ आजीव प्रचारक एवढा मिशनच्या कामाचा व्याप शिंदे यांनी पश्चिम आणि दक्षिण भारतातील सात प्रांतांत वाढविला. १९१२ मध्ये त्यांनी मिशनचे कार्यालय मुंबईहून पुण्यास हलविले. महात्मा फुले यांनी भोकरवाडीत ज्या जागेत अस्पृश्यांसाठी शाळा उघडली होती, ती जागा नगरपालिकेकडून संपादित करून, श्रीमंत तुकोजीराव होळकरांच्या व मुंबई सरकारच्या आर्थिक साहाय्याने सव्वा लाख रुपये खर्च करून मिशनसाठी ‘अहल्याश्रम’ ही सोयीस्कर इमारत बांधली. अस्पृश्यता निवारणकार्याचे १९२० पर्यंतचे पहिले पर्व हे जागृतीचे म्हटले, तर विठठ्ल रामजी शिंदे हे ह्या पर्वाचे प्रवर्तक ठरतात. पुढचे पर्व संघर्षाचे व त्याचे प्रणेते डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर होत. १९२३ साली मिशन ही संस्था अस्पृश्यवर्गीय प्रतिनीधीच्या स्वाधीन करून शिंदे मिशनबाहेर पडले. त्यानंतरही पर्वती मंदिरप्रवेश सत्याग्रह, अस्पृश्यांची शेतकी परिषद, संयुक्त मतदारसंघाची योजना इ. बाबतींत ते अस्पृश्यवर्गाच्या हिताच्या दृष्टीने सक्रियपणे भाग घेत होते. अस्पृश्यता निवारणकार्याची तळमळ त्यांच्या ठिकाणी अखेरपर्यंत होती.
शिंदे यांनी महत्त्वाच्या राजकीय, सामाजिक व शैक्षणिक चळवळींत उच्चनैतिक भूमिकेवरून भाग घेतला. मुंबई कायदे-कौन्सिलच्या १९२० च्या निवडणुकीत पुण्यातून मराठयांसाठी राखीव असलेल्या जागेसाठी त्यांनी निवडणूक लढवावी ही चाहत्यांची विनंती त्यांनी अव्हेरली कारण त्यांना जातीय तत्त्व मान्य नव्हते. उलट मागासलेला जो बहुजनसमाज, त्याचा कैवार घेणारा बहुजनपक्ष स्थापन करून त्याच्यावतीने शिंदे यांनी ही निवडणूक लढवली. या पक्षाने शेतकरी, शिपाई, शिक्षक, उदमी, दुकानदार, मजूर यांच्या जोडीनेच अस्पृश्य व स्त्रीवर्ग यांच्या हितसंबंधांसाठी झटण्याचा निर्धार प्रकट केला. या निवडणुकीत शिंदे यांना यश मिळाले नाही. महात्मा गांधी-प्रणीत १९३० च्या कायदेभंगाच्या चळवळीत त्यांनी भाग घेतला. त्याबद्दल त्यांना सहा महिन्यांची शिक्षा झाली. देवाच्या नावावर मुलींना अनीतीच्या मार्गात लोटणारी मुरळीची चाल बंद व्हावी, अशा मुलींचे या दुष्ट चालीपासून संरक्षण करावे, या हेतूने मुंबई शहरातील प्रतिष्ठित मंडळींची एक संस्था १९०७ मध्ये स्थापन करण्यात आली. तिचे एक कार्यवाह म्हणून त्यांनी काम केले. १९११ साली मुंबईत एक ‘मुरळी प्रतिबंधक परिषद’ भरविली. १९१८ च्या सुमारास पुणे नगरपालिकेतर्फे मुलांप्रमाणे मुलींनाही प्राथमिक शिक्षण सक्तीचे असावे, यासाठी त्यांनी चळवळ केली. पुणे येथे १९२८ साली भरलेल्या ‘मुंबई इलाखा शेतकरी परिषदे’चे नेतृत्व शिंदे यांनी केले. अखेर सरकारला सारावाढ व तुकडेबंदी ही संकल्पित विधेयके मागे घ्यावी लागली. १९२६ ते १९३२ या काळात त्यांनी शेतकऱ्यांच्या परिषदांमध्ये त्यांच्या समस्यांचे विवरण करून शेतकऱ्यांनी आपापसांत एकी करावी, कामगारांसमवेत एकजूट करावी तसेच उत्पादनाच्या जोडीने अर्थकारणाकडेही लक्ष द्यावे, असे प्रतिपादन केले.
शिंदे यांना संशोधन-लेखनाची ओढ असल्यामुळे कामाच्या धावपळीतून वेळ काढून त्यांनी संशोधनपर, वैचारिक व ललित स्वरूपाचे महत्त्वपूर्ण लेखन केले. अस्पृश्यताविषयक संशोधन हा त्यांचा एक प्रमुख आस्थाविषय होता. अस्पृश्यवर्गाच्या एकंदर लोकसंख्येची निश्चिती करून त्यांच्या स्थितीसंबधी १९०५ मध्ये इंडियन सोशल रिफॉर्मर मध्ये त्यांनी इंग्रजीत लेख लिहिला. ‘बहिष्कृत भारत’ (१९०८), ‘अस्पृश्यता निवारणाचा आधुनिक इतिहास’ (१९२२), ‘ब्रह्मदेशातील बहिष्कृत वर्ग’ (१९२७) हे लेख व ‘भारतीय अस्पृश्यतेचा प्रश्न’ (१९३३) हा समाजशास्त्रीय प्रबंध हे त्यांचे या विषयावरील प्रमुख लेखन होय. त्यांच्या या प्रबंधात अस्पृश्यतेच्या उगमापासूनचा इतिहास, बुद्धपूर्वकाळापासून वर्तमानकाळापर्यंत दिसणारी अस्पृश्यतेची विविध रूपे, त्यांचा इतिहास, धर्म, सामाजिक स्थिती, राजकारण इ. विषयांचे विवेचन केले असून अस्पृश्य मानले गेलेले लोक एकेकाळचे राज्यकर्ते होते व धर्माने ते बौद्ध होते हे मत त्यांनी विविध प्रकारचे पुरावे व आधार देऊन मांडले आहे. कानडी आणि मराठी या भाषांमधील संबंधांचा सविस्तर ऊहापोह करून कानडीचा शब्दसंग्रह तसेच व्याकरण यांचा मराठीवर मोठा प्रभाव पडला आहे, हे त्यांनी दखविले आहे.