کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی

#خبر-علمی
پژوهشگران انستیتو Hubrecht دریافته‌اند که نحوه بسته‌بندی DNA در سلول‌ها می‌تواند مستقیماً بر سرعت تکثیر DNA در حین تقسیم سلولی تأثیر بگذارد. آن‌ها گزارش کرده‌اند که بسته‌بندی DNA از طریق یک مسیر غیرمعمول سیگنال‌هایی ارسال می‌کند که بر توانایی سلول برای تقسیم و رشد اثر می‌گذارد. این کشف راه‌های جدیدی را برای بررسی ارتباط بین تکثیر DNA و بسته‌بندی آن باز می‌کند. این یافته‌ها ممکن است در آینده به دانشمندان کمک کنند تا درمان‌ها و داروهایی برای بیماری‌هایی مانند سرطان پیدا کنند.

یک پایگاه داده جدید (کسنرسیوم DoGA) که بیش از ۱۰۰ نوع بافت مختلف سگ را پوشش می‌دهد، می‌تواند به طور قابل توجهی درک ما از بیماری‌های ارثی را بهبود بخشد و اطلاعات ارزشمندی برای تحقیقات بهداشتی در زمینه سگ‌ها و انسان‌ها فراهم کند. این دیتابیس حاوی اطلاعات ارزشمندی از چگونگی بیان ژن ها و عملکرد پروموتر ها در بافت های خاصی از سگسانان است که می تواند افق های جدیدی را در مطالعات بالینی باز نماید.
https://www.doggenomeannotation.org/
https://dcc.doggenomeannotation.org/doga

#خبر
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در شرایط خاص، اصلاح هدفمند بخش‌های معیوب در ژنوم می‌تواند منجر به بروز نقص‌های ژنتیکی جدید شود. این مسئله توسط یک تیم از دانشگاه زوریخ (UZH) در مورد بیماری ارثی نادر به نام گرانولوماتوز مزمن گزارش شده است.
موضوع از این قراره که اخیرا محققان سویسی با استفاده از تکنولوژی کریسپر توانستند یک ایراد ژنتیکی را برطرف کنند، اما به ناگاه متوجه شدند درست شدن ایراد ژنتیکی همانا یه بخش قضیه هستش و وقوع یک ایراد جدیدتر بخش دیگر قضیه. این گزارش به عنوان اولین اثر جانبی تکنولوژی کریسپر در مطالعات بالینی در هفته های گذشته منتشر شده است.

آیا می دانید فرایند دیالیز چگونه کار می کند؟ در این مقاله مروری که در ژورنال جاما چاپ شده است چگونگی این فرایند تشریح شده است.

دزدا دنبال این پسر ۲۸ساله کردن یارو رفت تو خونه با ار‌پی‌جی برگشت 😂 آرپیجی داشت تو خونه ش 😂🤏🔫

یک مقاله جدید نشان می‌دهد که آلودگی پلاستیکی به صورت چشمگیری اثرات مخرب بر روی تمام مرزهای سیاره‌ای، از جمله تغییرات اقلیمی، اسیدی شدن اقیانوس‌ها و از دست رفتن تنوع زیستی را تشدید می‌کند. پیش از مذاکرات نهایی پیمان بین‌المللی پلاستیک، محققان از تصمیم‌گیران می‌خواهند که به آلودگی پلاستیکی فقط به‌عنوان یک مشکل مدیریت پسماند نگاه نکنند.

پاتریشیا ویاروبیا-گومز، نویسنده اصلی مقاله از مرکز تاب‌آوری استکهلم، می‌گوید: "ضروری است که به کل چرخه حیات پلاستیک‌ها توجه کنیم، از استخراج سوخت فسیلی گرفته تا تولید اولیه پلیمرهای پلاستیکی." پلاستیک‌ها به آن اندازه که قبلاً تصور می‌شد ایمن و خنثی نیستند. مقاله پژوهشی جدید که توسط یک تیم بین‌المللی از محققان نوشته شده، از چارچوب مرزهای سیاره‌ای برای ساختاربندی شواهد فزاینده اثرات پلاستیک بر محیط زیست، سلامت و رفاه انسانی استفاده می‌کند. سالانه ۵۰۰ میلیون تن پلاستیک تولید می‌شود، اما تنها ۹ درصد از آن‌ها در سطح جهانی بازیافت می‌شود. پلاستیک‌ها همه جا هستند: از قله کوه اورست تا عمیق‌ترین نقطه گودال ماریانا.
تیم تحقیقاتی از طریق بررسی تحلیلی مطالعات علمی درباره تأثیرات پلاستیک‌ها در محیط طبیعی نشان می‌دهد که آلودگی پلاستیکی فرآیندهای کل سیستم زمین را تغییر می‌دهد و بر همه مشکلات مهم زیست‌محیطی جهانی، از جمله تغییرات اقلیمی، از دست رفتن تنوع زیستی، اسیدی شدن اقیانوس‌ها، و استفاده از آب شیرین و زمین تأثیر می‌گذارد.

این مقاله با عنوان "Plastics pollution exacerbates the impacts of all planetary boundaries" بر ضرورت درک پیچیدگی پلاستیک‌ها تأکید دارد. به‌عنوان موادی مبتنی بر پلیمرهای مصنوعی که با هزاران ماده شیمیایی دیگر همراه هستند، تأثیرات پلاستیک‌ها در تمام چرخه حیات این محصولات و مواد رخ می‌دهد
پاتریشیا ویاروبیا-گومز، دانشجوی دکتری در مرکز تاب‌آوری استکهلم در دانشگاه استکهلم، می‌گوید: "پلاستیک‌ها به‌عنوان محصولاتی بی‌اثر دیده می‌شوند که از محصولات محبوب ما محافظت می‌کنند یا زندگی ما را آسان‌تر می‌کنند و به‌راحتی قابل پاک‌سازی هستند هنگامی که به زباله تبدیل شوند. اما این دیدگاه بسیار دور از واقعیت است. پلاستیک‌ها از ترکیب هزاران ماده شیمیایی ساخته شده‌اند. بسیاری از این مواد، مانند مختل‌کننده‌های غدد درون‌ریز و مواد شیمیایی ماندگار، دارای سمیّت و زیان برای اکوسیستم‌ها و سلامت انسان هستند. ما باید پلاستیک‌ها را به‌عنوان ترکیبی از این مواد شیمیایی ببینیم که روزانه با آن‌ها تعامل داریم."

آلودگی های پلاستیکی تأثیرات تمام مرزهای سیاره‌ای را بدتر می‌کند.
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران

🚩 کتاب مبانی PCR و طراحی پرایمر تالیف مهندس حسن رسولی و دکتر فاطمه دهقان نیری

🧬 راهنمای جامع آزمایشگاه مولکولی برای یادگیری مراحل تکثیر ژن، اشنایی با طراحی پرایمر، ژنومیکس مقایسه ای، مارکرهای مولکولی و ...

🔑 قابل استفاده برای تمامی دانشجویان علاقه مند به مباحث مولکولی

📦 روش تهیه کتاب: متقاضیان ارجمند می توانند به یکی از سه طریق زیر این کتاب را تهیه نمایند:

۱-مراجعه مستقیم به آدرس انتشارات در خیابان انقلاب: خیابان انقلاب-روبروی دبیرخانه دانشگاه تهران-ساختمان ولیعصر، پلاک ۱۴، طبقه دوم، دفتر مرکزی انتشارات آثار سبحان.

۲- سفارش از طریق واتس اپ: درخواست کتاب با ثبت سفارش از طریق شماره ۰۹۰۱۳۱۰۵۰۳۹

۳-سفارش انلاین از طریق آدرس سایت انتشارات:
www.asaresobhan.com


@irbioinformatics

#خبر
تدوین: ادامین کانال
🤏⭕️ارتباط میان سنتز کلسترول و سرطان
در یک مطالعه جدید ارتباط مهمی بین سرطان، سلول‌های بنیادی و اجزای سازنده کلسترول ارائه شده است. به‌طور خاص، این تحقیق نشان می‌دهد که آنزیم FAXDC2 چگونه از طریق نقش خود در سنتز کلسترول، بر رشد و تمایز سلول‌های سرطانی تأثیر می‌گذارد. این یافته‌ها رویکردهای جدیدی را برای درمان سرطان پیشنهاد می‌دهند.
این مطالعه به تشریح زنجیره‌ای از رویدادهای مولکولی می‌پردازد که از سرکوب FAXDC2 آغاز شده و به اختلال در سنتز طبیعی کلسترول و تغییرات سرنوشت سلول‌های سرطانی منتهی می‌شود. این تحقیق بر آسیب‌پذیری احتمالی در سلول‌های سرطانی تأکید دارد که می‌تواند به عنوان هدفی برای مداخله درمانی شناسایی شود

تحقیقات روی ماده شیمیایی تولید شده توسط قارچ کرم ابریشم نشان داده است که این ماده چگونه می‌تواند به عنوان یک درمان برای سرطان عمل کند. این ماده سیگنال‌های رشد سلولی که در سرطان بیش‌فعال هستند را مختل می‌کند و می‌تواند در مقایسه با بسیاری از درمان‌های موجود، آسیب کمتری به بافت‌های سالم وارد کند.

دانشمندان دانشکده داروسازی دانشگاه ناتینگهام در حال بررسی اثرات قارچ انگل‌گونه‌ای هستند که روی کرم‌های ابریشم رشد می‌کند و ممکن است به‌عنوان یک درمان بالقوه برای طیف وسیعی از بیماری‌ها کاربرد داشته باشد. آن‌ها به‌ویژه در حال مطالعه ماده کوردیسپین هستند که یکی از ترکیبات موجود در این قارچ‌هاست. این تحقیق در مجله FEBS Letters منتشر شده است

قارچ‌های کرم ابریشم در آسیا به عنوان غذای سلامت‌بخش و داروی سنتی شهرت دارند. کوردیسپین، که توسط قارچ Cordyceps militaris تولید می‌شود – قارچی نارنجی رنگ که کرم‌های ابریشم را آلوده می‌کند – در مطالعات مختلفی به عنوان داروی ضد سرطان نویدبخش بوده است، اما تاکنون نحوه عملکرد آن مشخص نبوده است.

تیم تحقیقاتی انجام دهنده این مطالعه با استفاده از تکنیک‌های پیشرفته توانستند اثرات کوردیسپین را بر فعالیت هزاران ژن در چندین رده سلولی اندازه‌گیری کنند. نتایج مقایسه اثرات کوردیسپین با سایر درمان‌ها در پایگاه‌های داده نشان داد که کوردیسپین از طریق تأثیرگذاری بر مسیرهای القاکننده رشد در سلول‌ها عمل می‌کند.

با بررسی نحوه عملکرد کوردیسپین درون سلول، تیم تحقیقاتی تأیید کرد که کوردیسپین به کوردیسپین تری‌فسفات تبدیل می‌شود که آنالوگی از حامل انرژی سلول، یعنی ATP است. کوردیسپین تری‌فسفات به عنوان عامل احتمالی اثرات آن بر رشد سلولی شناسایی شد و به این ترتیب، به عنوان مولکولی که می‌تواند مستقیماً بر سلول‌های سرطانی تأثیر بگذارد، معرفی شد.

دکتر کورنلیا د مور، از دانشکده داروسازی دانشگاه ناتینگهام که این پژوهش را رهبری کرده است، توضیح می‌دهد: «ما سال‌هاست که در حال تحقیق روی اثرات کوردیسپین بر طیف وسیعی از بیماری‌ها هستیم و با هر گام به درک نحوه استفاده از آن به عنوان یک درمان مؤثر نزدیک‌تر می‌شویم. یکی از نکات هیجان‌انگیز این است که انجام این آزمایش‌های بزرگ اکنون آسان‌تر و ارزان‌تر شده است، بنابراین توانستیم هزاران ژن را به‌طور همزمان بررسی کنیم.

داده‌های ما تأیید می‌کند که کوردیسپین نقطه شروع خوبی برای داروهای نوین ضد سرطان است و اثرات مفید آن را توضیح می‌دهد. به عنوان مثال، مشتقات کوردیسپین می‌توانند به تولید فرم تری‌فسفات این دارو هدف‌گذاری کنند تا اثر مشابهی داشته باشند. علاوه بر این، این داده‌ها به پایش اثرات کوردیسپین در بیماران کمک خواهد کرد، زیرا داده‌های ما نشان می‌دهند که برخی ژن‌ها به‌طور قابل اعتمادی به کوردیسپین پاسخ می‌دهند، که می‌توان آن‌ها را مثلاً در سلول‌های خونی اندازه‌گیری کرد.»

#خبر
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
اخیرا یک مطالعه جدید نشان داده است که قارچ کرم ابریشمی (Cordyceps sinensis) می‌تواند رشد سلول‌های سرطانی را کند نماید. این قارچ به دلیل ترکیبات فعال زیستی، از جمله #Cordycepin و پلی‌ساکاریدهای خاص، مورد توجه قرار گرفته است که ممکن است اثرات ضد سرطانی داشته باشند. مطالعات نشان داده‌اند که این ترکیبات می‌توانند فرایندهایی مانند تکثیر سلولی و متاستاز را مهار کنند و آپوپتوز (مرگ برنامه‌ریزی شده سلول‌ها) را در سلول‌های سرطانی تحریک نمایند. این ویژگی‌ها باعث شده که قارچ کرم ابریشم به عنوان یک درمان مکمل در تحقیقات درمان سرطان مورد بررسی قرار گیرد.
@irbioinformatics

اینفوگرافی عوامل دخیل در سارکوپنی و پیری زیستی

مروری کوتاه بر پیری زیستی یا Biological ageing
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
@irbioinformatics
پیری زیستی با کاهش یکپارچگی فیزیولوژیکی مشخص می‌شود و تقریباً هر عضوی از بدن، از جمله عضلات اسکلتی را تحت تأثیر قرار می‌دهد. با افزایش سن، این عضلات با کاهش در توده و عملکرد خود مواجه می‌شوند. این کاهش، که با نام "سارکوپنی یا sarcopenia" شناخته می‌شود، از سال ۲۰۱۸ به عنوان یک بیماری عضلانی طبقه‌بندی شده است، و در این میان، قدرت عضلانی بیش از توده عضلانی به‌عنوان شاخص اصلی سارکوپنی در نظر گرفته می‌شود. در حال حاضر، حدود ۱۰ درصد از سالمندان به سارکوپنی مبتلا هستند، و پیش‌بینی می‌شود که این رقم تا سال ۲۰۴۵ در اروپا به طور قابل توجهی افزایش یابد که به طور منفی بر کیفیت زندگی تأثیر خواهد گذاشت.
@irbioinformatics
مکانیسم‌های دقیق ایجاد سارکوپنی همچنان نامشخص است، اما عواملی مانند اختلال در تنظیم ایمنی و التهاب مزمن در این فرایند نقش دارند. به‌طور سنتی، تصور می‌شد که عملکرد عضله و واکنش ایمنی مستقل از هم هستند؛ اما مطالعات اخیر نشان می‌دهند که عضله اسکلتی ممکن است بر فرآیندهای ایمنی تأثیر بگذارد. اصطلاح "پیری ایمنی" به کاهش عملکرد ایمنی مرتبط با افزایش سن اشاره دارد که با آتروفی تیموس، تجمع سلول‌های T پیریافته و نقص در واکنش‌های ایمنی ذاتی همراه است.
@irbioinformatics
منبع:
Nelke C, Dziewas R, Minnerup J, Meuth SG, Ruck T. Skeletal muscle as potential central link between sarcopenia and immune senescence. EBioMedicine. 2019 Nov;49:381-388. doi: 10.1016/j.ebiom.2019.10.034

کمپلکس سه‌گانه DCAF1-PROTAC-WDR5 پتانسیل فناوری PROTAC را برای تخریب پروتئین‌های دشوار برای هدف‌گذاری، مانند WDR5 برجسته می‌کند. با بهره‌گیری از سیستم اوبیکوئیتین-پروتئازوم سلولی از طریق نزدیکی القایی، این کمپلکس سه‌گانه امکان تخریب انتخابی و مؤثر WDR5 را فراهم می‌کند. این رویکرد امیدوارکننده‌ای برای درمان سرطان‌ها و بیماری‌های دیگر مرتبط با اختلالات اپی‌ژنتیک محسوب می‌شود و راه‌های جدیدی را برای تنظیم سطوح پروتئین در تحقیقات و کاربردهای درمانی باز می‌کند. در اینجا می‌توانید ساختار کریستالی کمپلکس سه‌گانه DCAF1 و WDR5 با PROTAC را مشاهده کنید (کد PDB: 9B9T).

معرفی فناوری PROTAC
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
@IRbioinformatics
فناوری PROTAC یا کایمراهای هدف گیرنده تجزیه پروتئین یک رویکرد نوآورانه در کشف دارو است که از ماشین طبیعی تخریب پروتئین در سلول برای حذف انتخابی پروتئین‌های هدف بهره می‌برد. یک PROTAC مولکولی با عملکرد دو گانه است که از دو بخش اصلی تشکیل شده است که با یک زنجیره انعطاف‌پذیر به هم متصل شده‌اند: یک لیگاند که به پروتئین هدف متصل می‌شود و یک لیگاند که به لیگاز E3 اوبیکوئیتین متصل می‌شود، که پروتئین‌ها را با مولکول‌های اوبیکوئیتین نشان‌گذاری می‌کند تا برای تخریب توسط پروتئازوم علامت‌گذاری شوند.
@IRbioinformatics
زمانی که یک PROTAC به هر دو پروتئین هدف و لیگاز E3 متصل می‌شود، یک کمپلکس سه‌گانه تشکیل می‌دهد که لیگاز و پروتئین هدف را به نزدیکی یکدیگر می‌آورد. این نزدیکی به لیگاز اجازه می‌دهد تا انتقال اوبیکوئیتین به پروتئین هدف را کاتالیز کند و آن را برای تخریب نشان‌گذاری نماید. پس از اوبیکوئیتین‌گذاری، پروتئین هدف توسط پروتئازوم شناخته شده و تجزیه می‌شود، که به‌طور مؤثری غلظت آن را در سلول کاهش می‌دهد. این مکانیسم به PROTACها اجازه می‌دهد تا پروتئین‌ها را تجزیه کنند نه این‌که آن‌ها را مهار کنند، و به این ترتیب ابزاری قدرتمند برای هدف‌گذاری پروتئین‌هایی است که معمولاً به دلیل نبود جایگاه‌های فعال مناسب "غیر قابل داروشدن" در نظر گرفته می‌شوند.

در پاسخ به اون فضلا و مراجعی که عملکرد ریس یک شرکت لبنی در برخورد با پرسنلی که ریش و سیبیل دارند رو تقبیح می کنند و با تمام وجود با نقدهای غیر منصفانه و جهت گیری های بدون تفکرشون ثابت کردن بدون مغز هم میشه به زندگی ادامه داد😂🤏•

گفتم بذار جای تاکسی پیاده برم، هم ارزون‌تره هم سالم‌تر؛ تو راه بستنی، شیرکاکائو کیک و بادو‌م‌زمینی خوردم، نه ارزون شد نه سالم!

😂

دایره المعارف دامین های پروتئینی یکی از خروجی های مبتنی بر الفافولد است که در برگیرنده اطلاعات بیش از 365 میلیون دامین پروتئینی انالیز شده با استفاده از این نرم افزار است که اطلاعات جامع و کاملی را در خصوص ارزیابی ساختار پروتئین ها بر مبنای دامین هایی که در ساختار آنها وجود دارد را فراهم کرده است. فایل توضیحات این دایره المعارف دامین های پروتئینی را از اینجا دانلود کنید
@irbioinformatics

این متن دیدم خیلی قشنگ بود: مضمون کلیش اینه: به عنوان یک دانشجوی دکترا، خودتان را بپذیرید. از افراد معمولی مشاوره نگیرید. نسبت به انجام کار خوب و کمک به بشریت وسواس داشته باشید. همواره کنجکاو باشید. به شدت یاد بگیرید. این‌ها ویژگی‌های مثبت هستند.
@irbioinformatics

پارامتر PAE می‌تواند به‌صورت یک نمودار PAE قابل‌تفسیر به تصویر کشیده شود. هر ساختار پروتئینی پیش‌بینی‌شده در پایگاه داده ساختار پروتئینی AlphaFold (AFDB) همراه با یک نمودار PAE است. این نمودار یک گراف دو بعدی است که رزیدیوهای پروتئینی در امتداد محورهای آن قرار دارند. در هر مربع، سایه سبز نشان‌دهنده خطای فاصله مورد انتظار به آنگستروم (Å) برای یک جفت رزیدیو است. یک مربع سبز تیره نشان‌دهنده پیش‌بینی خوب (خطای کم) است، در حالی که یک مربع سبز روشن در این گراف نشان‌دهنده پیش‌بینی ضعیف (خطای بالا) است.
@irbioinformatics

پارامتر PAE یا Predicted aligned error در نرم افزار آلفافولد2
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
@irbioinformatics
خطای هم‌ترازی پیش‌بینی‌شده (PAE) معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 در موقعیت نسبی دو رزیدیو در ساختار پیش‌بینی‌شده برای توالی اعمال شده به نرم افزار است. PAE به‌عنوان خطای موقعیتی مورد انتظار در رزیدیوی آمینواسیدی X، که بر حسب آنگستروم (Å) اندازه‌گیری می‌شود، تعریف شده است، اگر ساختارهای پیش‌بینی‌شده و واقعی بر روی رزیدیوی آمینواسیدی Y هم‌تراز شوند.
@irbioinformatics

بنابراین، پارامتر PAE عملاً معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 از قرارگیری مناسب دامین ها و دقت موقعیت نسبی دامین ها در ساختار پیش‌بینی‌شده است.
یک امتیاز PAE پایین بین دو رزیدیو از دو دامین مختلف به معنای خطای پیش‌بینی‌شده کم است. این به نوبه خود به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت این رزیدیوها اطمینان دارد. برعکس، امتیاز PAE بالا به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت نسبی آن‌ها اطمینان ندارد.
نادیده گرفتن امتیاز PAE می‌تواند به تفسیر نادرست موقعیت نسبی دامین ها منجر شود. یک نمونه از این مورد، پروتئین checkpoint protein 1 حدواسط اسیب DNA (شناسه AlphaFold: AF-Q14676-F1) است. دو دامین آن به نظر می‌رسد که در فضای سه‌بعدی به هم نزدیک هستند، اما PAE نشان می‌دهد که موقعیت این دامین ها در ساختار پروتئین اساساً تصادفی است.
نمودار PAE همیشه یک خط قطری سبز تیره دارد که از بالا-چپ به پایین-راست کشیده شده است. این خط نمایانگر رزیدیوهایی است که در مقابل خود هم‌تراز شده‌اند، جایی که اطمینان به‌طور تعریف‌شده همیشه بالا است، بنابراین اطلاعات مفیدی ارائه نمی‌دهد و می‌توان آن را نادیده گرفت. اطلاعات مربوط به صحت ساختار پروتئین، از نظر جهت‌گیری‌های نسبی، در نواحی دور از خط قطری موجود در پلات قرار دارد.

پارامتر PAE یا Predicted aligned error در نرم افزار آلفافولد2
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران

ممنوعیت واردات آیفون‌های جدید (جدا از مقوله حق استفاده از آنتن) و بعد آزادسازی مشروط اون‌ها با تعرفه‌های سنگین (در صورت انجام)، نشون‌دهنده‌ی سیاست‌های اقتصادی دولته که سعی می‌کنه از تقاضای مردم ارزش بکشه و خودش رو توی این بازار به نوعی «شرکت شبه‌اپل» نشون بده. یعنی به جای اینکه مردم به راحتی از اپل خرید کنن، دولت با این سیاست‌ها از خریدارهای داخلی پول درمیاره.

دولت با اعمال تعرفه‌های بالا و شرایط سخت گمرکی، سودی بیشتر از حاشیه سود خود محصول به‌دست میاره! به زبان ساده، دولت به جای اینکه به اصول بازار و رقابت تکیه کنه، از طریق تعرفه‌ها درآمدی رو که معمولاً به جیب اپل می‌رفت، برای خودش جذب می‌کنه و این اصلا خوب نیست...

#دانستنی‌ها
آیا می‌دانستید که ذره‌ای در جهان وجود دارد که به‌قدری گریزان است که به نام "ذره شبح" شناخته می‌شود؟
@irbioinformatics
ذره نوترینو تقریباً هرگز با ماده تعامل ندارد - در واقع، حدود ۱۰۰ میلیارد نوترینو در هر ثانیه از روی ناخن شما عبور می‌کنند بدون اینکه حتی متوجه شوید. خورشید منبع اصلی نوترینوها بر روی زمین است.

این ذره اولین بار توسط برنده جایزه نوبل، ولفگانگ پائولی، پیش‌بینی شد و وجود آن در سال ۱۹۵۶ توسط فردریک رینس و کلاید کوان اثبات شد. رینس برای این کشف، جایزه نوبل فیزیک سال ۱۹۹۵ را دریافت کرد.

نرم افزار Molli: یک نرم افزار بر پایه پایتون برای ساخت و تحلیل کتابخانه‌های مولکول‌های مجازی

ایجاد و مطالعه مجموعه‌های بزرگ از مولکول‌های مجازی برای تحقیقات حوزه شیمی دارویی، از کشف داروهای جدید تا طراحی داروهای پیشرفته، بسیار مهم است. با این حال، روش‌های سنتی برای ساخت این کتابخانه‌ها می‌توانند پیچیده باشند و اغلب جزئیات مهمی درباره مولکول‌ها را از دست می‌دهند. اینجاست که Molli، ابزاری جدید که توسط Alexander S. Shved و همکاران توسعه داده شده است، وارد می‌شود.
@irbioinformatics
نرم افزار Molli، به اختصار "Molecular Library Toolkit,"، یک نرم‌افزار مبتنی بر پایتون است که ایجاد، مدیریت و تحلیل مجموعه‌های بزرگ مولکولی در ابعاد سه‌بعدی را آسان می‌کند. ویژگی‌های کلیدی Molli شامل توانایی آن در تولید کتابخانه‌های مولکولی سه‌بعدی به‌طور مستقیم از طرح‌های دوبعدی، همراه با حفظ دقت استریوشیمی، و پشتیبانی از یکپارچگی با ابزارهای شیمی محاسباتی مانند OpenBabel، RDKit، ORCA، NWChem و xTB/CREST برای بهینه‌سازی هندسی و محاسبه خواص است.

#دانستنی‌ها
در حوزه بیوتکنولوژی و پزشکی، اصطلاحات نانوبادی و VHH اغلب به‌طور جایگزین برای توصیف آنتی‌بادی‌های تک دامینی (single-domain) استفاده می‌شوند. این نسخه‌های کوچک‌تر از آنتی‌بادی‌های سنتی به‌عنوان سنگ‌بنای نوآوری‌های علمی از تشخیص تا درمان‌های سلولی و ژنی شناخته شده‌اند. اما این نام‌ها از کجا آمده‌اند و چه معنایی برای توصیف آن‌ها دارند که آن‌ها را در پژوهش‌ها و کاربردهای درمانی امروزی به این اندازه محوری کرده است؟ ادامه داستان را در اینجا بخوانید...
@irbioinformatics

Understanding Genetics

یک کتاب فوق العاده عالی برای درک ماهیت ژنتیک و عملکرد ژن ها

✅دریافت فایل کتاب(کلیک کنید).

عکس شماره ۱: یک اسکن از دهان موش نشان می‌دهد که چگونه و چه زمانی سقف دهان در مدل موش شکل می‌گیرد تا حفره‌های دهانی و بینی را جدا کند. این تحقیق می‌تواند به روشن‌تر شدن مسئله شکاف کام، که یک نقص مادرزادی رایج در انسان‌ها است، کمک کند.

عکس شماره ۲: یک مدل از قلب، ریه‌ها و رگ‌های خونی گوسفند در دهه ۱۹۶۰ توسط دکتر وسلی اندرسون، دامپزشک دانشگاه مینه‌سوتا، ساخته شد. او از روشی به نام پلاستی‌سازی استفاده کرد که منجر به ایجاد یک مدل پلاستیکی دقیق از ساختارها و رگ‌های داخلی شد. این مدل به محققان در ساخت «دستگاه‌های کمکی بطن» کمک کرد که پس از آسیب قلب، در پمپاژ خون به آن کمک می‌کنند.

عکس شماره ۳: از دهه ۱۹۵۰ تا ۱۹۷۰، محققان در مؤسسه ملی دیابت و بیماری‌های گوارشی و کلیوی از این کلاهک‌ها برای جمع‌آوری داده‌هایی درباره مصرف اکسیژن استفاده کردند. سپس از این داده‌ها برای مطالعه نحوه مصرف انرژی توسط بدن انسان استفاده شد.

عکس شماره ۴: این قورباغه سمی که به نام Phyllobates aurotaenia نیز شناخته می‌شود، توسط دکتر جان دیلی، بیوشیمی‌دان NIH، جمع‌آوری شد. او در حال مطالعه شیمی سموم بود تا چگونگی اثر سموم بر انسان‌ها را بررسی کند و روشی که ممکن است به آن‌ها کمک کند را کشف کند. دکتر دیلی ترکیب شیمیایی اپیباتیدین را کشف کرد. اگرچه اپیباتیدین درد را کاهش می‌دهد، اما ۲۰۰ برابر قوی‌تر از مورفین است و به همین دلیل هرگز به‌عنوان یک درمان دارویی توسعه نیافت.
@irbioinformatics

به مناسبت هالویین چند عکس از دنیای واقعی باهم ببینیم. :)

‏اولین تانکِ محیطِ زیست دوست!
شرکت هیوندای از اولین تانک جنگی با سوخت هیدروژنی رونمایی کرد که به محیط زیست کمترین اسیب را وارد می‌کند
این‌مثل اینه که ‏مثلا یه جلادی خیلی مودب باشه و قبل‌از گردن زدن دستاشو بشوره و به مقتول بگه «با اجازه»😂🤏🪓

مصوبه هیات وزیران در خصوص واردات و تعرفه رجیستری آیفون:
سود بازرگانی واردات آیفون ۹۶درصد تعیین شد

+خود اپل انقدر سود نمیکنه 😂😂
یعنی متد اداره کشور رو نشون نویسنده‌های money heist بدی، جیغ می‌کشن فرار می‌کنن

🔰Some useful literature on how to write an abstract👇👇

https://t.me/IRBioinformatics/1153

🔖گزارشی از یک کیس جالب


🚩در نشریه معتبر پزشکی BMJ در بخش بیماری‌های دستگاه گوارش، یک گزارش جالب و عجیب منتشر شده است.

یک مرد ۴۶ ساله، بعد از آسیب انگشت شست دست خود، مجبور شد که مدت ۳ هفته تمام سفالکسین بخورد.اما یک هفته بعد از پایان دوره درمان دارویی، اطرافیان او متوجه تغییرات شخصیتی عجیب در او که پیش از آن سابقه نداشت شدند. او دچار دوره‌های سرخوشی و افسردگی و رفتارهای خشونت‌آمیز می‌شد.

با توجه به این علایم پزشکان به او مدتی داروی ضد افسردگی دادند. مصرف این داروها ادامه داشت تا اینکه یک بار به خاطر تخلف رانندگی پلیس‌ها خودروی او را متوقف کردند و طبعا تست الکل روی او انجام شد و نشان داد که رانندگی حین مستی داشته است.
بررسی بیشتر نشان داد که سطح الکل خون ۲۰۰ میلی گرم در دسی لیتر بوده که به میزان قابل ملاحظه‌ای از آستانه مجاز بالاتر بود.اما این مرد اصرار داشت که اصلا الکلی مصرف نکرده است. سرانجام «عمه» این مرد که حرفش را باور کرد. یک دستگاه پرتابل آنالیز تنفس که میزان تقریبی الکل خون را نشان می‌دهد، برای او خرید و این دو متوجه شدند که بسیار اوقات میزان الکل بدن این شخص بالاست!

❓چه اتفاقی افتاده بود؟ آیا مرد سر همه کلاه می‌گذاشت و مخفیانه الکل می‌خورد و اصلا چرا این را مخفی می‌کرد یا داستانی دیگر در کار بود.

🚩آنها به ناچار به پزشکی در اوهایو رفتند، پزشکی که قبلا مورد مشابهی داشت. مشخص شد که مخمرهایی در درون روده باریک و بخشی از روده بزرگ به نام سکوم، جا خوش کرده‌اند و به صورت طبیعی کار تخمیر و تبدیل کربوهیدرات به الکل را انجام می‌دهند.

🚩بررسی‌های اولیه نشان داد که دو میکروارگانیسم Saccharomyces #cerevisiae و S. boulardii در درون روده او هستند.

🚩آزمایش‌های نشان دادند که در پی دادن غذاهای حاوی کربوهیدرات، این مخمرها فعال می‌شوند و ظرف ۸ ساعت، سطح الکل ۵۷ میکروگرم در دسی لیتر را در بدن او را ایجاد می کنند!

🟢چیزی که رخ داده بود این بود که آنتی بیوتیک سفالکسین میکروب‌های نرمال روده این مرد را٫ تغییر را داده بود و با کشتن عده‌ای از آنها، شرایط را برای جایگزین شدن مخمر در بدن او فراهم کرده بود!

🍾به این مورد، سندرم ABS یا سندرم مشروب‌سازی خودکار یا سندرم تخمیر روده‌ای می‌گویند.

برای درمان اولیه دستور محدود کردن غذاهای کربوهیدارتی و داروهای ضدمخمر به او داده شد. اما این درمان موفقیت‌آمیز نبود.

درست همین جا بود که این مرد به نویسندگان کیس ریپورت نشریه BMJ معرفی شد. آنها ارگانیسم‌های دیگری مانند کاندیدا آلبیکنس و C. parapsilosis را هم پیدا کردند، داروهای ضد مخمر را عوض کردند و پروبیوتیک لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس را هم تجویز کردند. این درمان به تدریج پاسخ داد و حالا که یک سال و نیم از آن زمان می‌گذرد، کارخانه مشروب‌سازی داخل بدن بیمارشان از کار افتاده است!

⭐️البته این نخستین گزارش در مورد این سندرم عجیب نبوده است.


➡️https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK513346/

➡️https://bmjopengastro.bmj.com/content/6/1/e000325

کامندهای پرکاربرد و پایه ای در لینوکس که باید بلدشون باشین
@irbioinformatics

مراحل موردنیاز در یادگیری اصول RNAseq

برای یادگیری اصولی و کاربردی پردازشهای مربوط به RNAseq نیاز است که کاربران هنگام شروع یادگیری در این مرحله به چند فرایند خیلی مهم دقت داشته باشند.
1- پیدا کردن داده مناسب برای پردازش. همانطور که می دانید در بانک SRA بیش از میلیون ها خوانش RNAseq شرکت های ایلومینا، پک بایو، نانوپور، و... وجود دارد که برای نمونه های مختلف گیاهی و جانوری و ... ثبت شده است. در هر مرحله شما بایستی داده ای انتخاب کنین که مناسب با رشتتون و هدف کارتون هستش. چون هر نوع داده که در SRA وجود داره تفاسیر خاص خودش داره. لذا وقتی در ورکشاپی شرکت میکنن اگر دیتاها خارج از فیلد کاری شما هستش قاعدتا هیچ وقت تفاسیر کاربردی مربوطه رو یاد نمیگیرین. زیرا برای هر سمپلی که میخاین پردازش کنین اطلاعات تفسیری منحصر به فردی وجود داره و باید متناسب با تخصصتون و نیازتون این پردازش ها رو یاد بگیرین.

2- کنترل کیفی داده ها. دقت کنین که ابزارهای مختلفی برای کنترل کیفی داده ها در پلتفرم های مختلف وجود دارند. سعی کنین همیشه بهترین ابزار رو با توجه به نوع داده ای که انتخاب می کنین برای پردازش محاسباتی رو ران کنین در غیر این صورت در مرحله کنترل کیفی ممکنه خیلی از اطلاعاتتون رو از دست بدین یا اصلا کنترل کیفی صحیحی انجام ندین.

3- در مرحله اسمبلی داده های RNAseq خیلی مهمه که اسمبلر مناسبی برای این کار انتخاب کنین. اگر از ابزارهای بی ربط یا کیفیت پایین استفاده کنین ممکنه خوانش هاتون به دقت اسمبل یا مونتاژ نشن و در نتیجه موقع انجام مراحل بعدی با مشکل مواجه بشین. دقت داشته باشین که برای داده های ژنوم اسمبلرهای اختصاصی وجود دارد و برای داده های اگزوم و rnaseq هم همینطور. حتی اگر خوانش های یک طرفه یا دو طرفه داشته باشین بازهم اسمبلر مربوطه باهم متفاوته در نتیجه همیشه قبل از اینکه اسمبلی کنین ی ابزار مناسب با توجه به ماهیت داده ها انتخاب کنین.

4- در مرحله انوتیشین و مپ کردن داده ها خیلی مهمه که یک نقشه ژنومی اپدیت شده برای داده های خوانشی rnaseqتون انتخاب کنین تا بتونین براساس اون خروجی های لازمه رو پردازش کنین در غیر این صورت اصلا نمیتونین مرحله مپینگ و انوتیشن رو به دقت انجام بدین.

5- بعد از انوتیشن باید خروجی هاتون با ی سری مسیرهای زیستی مقایسه کنین. بهتره خیلی سعی کنین که دیتابیس های خیلی مهم و کاربردی رو تو فیلدی ک دارین کار میکنین پیدا کنین. و اخرین نسخه اون ابزارهایی ک دارین برای این کار استفاده می کنین رو دانلود و نصب کنین. اینطوری هم کیفیت کارتون میره بالا و هم اینکه در تفاسیر خطا ندارین.

6- مرحله تفسیر نتایج خیلی مهمه. برای این مرحله جز خودتون و تلاشتون واقعیتش اینه کسی نمیتونه کمکتون کنه. سعی کنین زیاد مقاله بخونین و به کاری ک میخاین انجام بدین کامل مسلط باشین تا بدونین هدفتون چی هستش در کل که با توجه به اون خروجی هاتون رو پردازش کنین.

7- تمرین و تکرار فراوان
@irbioinformatics

لینک دانلود مستقیم نسخه های مختلف ابزار SRAtoolkit

همانطور که گفتیم برای کار با داده های ژنومی اولین مرحله نیازه که داده های موردنظرتون رو از بانک داده دانلود کنین. و دیتاست خودتون رو بسازین برای اینکار کافیه متناسب با سیستم عامل کامپیوترتون یکی از نسخه های SRA رو نصب کنین و بعد در نهایت اونا رو ران کنین . تو این آموزش لینک سریع دانلود این ابزارها رو براتون گذاشتیم و بعدش در ادامه آموزش رو خدمتتون میگیم که استفاده کنین. هدف از اموزشا هم اینه که نکات کلیدی و کاربردی به دانشجوا منتقل بشه و اونایی که کمتر با دانش سخت افزار و نرم افزار اشنایی دارن مثل بقیه بتون از این دریای علمی استفاده کنن.

دانلود نسخه 64 بیتی سنتوس:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz

دانلود نسخه 64 بیتی اوبنتو:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz

دانلود نسخه 64 بیتی فدورا و دبیان: این ورژن SRA هم رو فدورا و هم رو دبیان به راحتی کار میکنن. بعضی وقتا میان نسخه های فدورا رو روی ابونتو هم نصب میکنن که سرعت بره بالا ولی خب گاها باگ مشاهده میشه و ترجیحا متناسب با هر OS ک دارین نرم افزارهایی ک نیاز دارین رو انتخاب کنین برای نصب:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/setup-apt.sh

دانلود نسخه رد هات مخصوص سرورهای مبتنی بر سنتوس:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/setup-yum.sh

دانلود نسخه اختصاصی مکینتاش:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-mac64.tar.gz

دانلود نسخه اختصاصی ویندوز 64 بیتی
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-win64.zip


دانلود نسخه مدیفای شده همراه با برخی ابزارهای کلیدی برای انالیز توالی های ژنومی برای سیستم عامل سنتوس 64 بیتی:
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/hisat2-2.2.1-64-ngs.3.0.0-linux.zip

توصیه های کاربردی برای کاربرانی که برای اولین بار میخان کار با SRA رو یاد بگیرین

1- عزیزان اگر مبتدی هستین سعی کنین برای یادگیری هرچه بهتر اول اول نسخه ویندوزی رو کامل مسلط بشین. نسخه ویندوزی کاملا کامندهاش شبیه نسخه لینوکسی با این تفاوت که در ویندوز ما پسوند .exe رو به هر کدوم از ماژول های SRA اضافه میکنیم تا رانش کنیم ولی در لینوکس فقط اسم ماژول رو در ترمینال میزنیم. پس کار با نسخه لینوکسی و ویندوزی چندان تفاوتی باهم ندارن.

2- سعی کنین که روی لبتابتون حداقل 1 ترا فضای خالی داشته باشین تا موقع ران کامندها سیستم قفل نکنه. میتونین هاردتون رو ارتقا بدین یا از هاردهای پرسرعت مجازی استفاده کنین و سرعت پردازش سیستمون رو ببرین. بالا.

3- نکته خیلی مهم اینه اعتماد بنفستون از دست ندین. شرط اول هر کاری اعتماد بنفسه. اگر اعتماد به نفس نداشته باشین همون مرحله دانلود ابزاره با شکست مواجه میشین و دیگه نمیتونین ادامه بدین. درسته که ابتدای کار هستین ولی خب زمان میبره تا فوت و فن کار یاد بگیرین. وقتی خود خوان یاد میگیرین دقت داشته باشین که خطاها رو یاد میگیرین دیگه مثل بعضی جاها که بهتون چارتا اسکریپت کج کوله میدن و اصلا هم سر ازشون در نیمارین نیست، بلکه خودتون به راحتی میتونین کل فرایند پردازش رو انجام بدین و نتایج خوبی ازش بگیرین.

#دانلود_sra
@irbioinformatics

آیا استفاده از داده های SRA برای پردازش های RNAseq سرقت علمی محسوب می شود؟

پاسخ به شبهات علمی


همانگونه که مستحضر هستید، پایگاه داده SRA یکی از پایگاه های داده بسیار خوب برای دانلود داده های اگزوم، RNAseq، DNAseq و ژنوم است. به طور متوسط ماهانه بیش از 1000 دیتاست جدید در آن سابمیت می شود. این دیتاست ها در پلتفرم های مختلفی از شرکت های توالی یابی تهیه شده اند که دارای دپث توالی یابی متفاوتی هستند. داده های SRA به نحوی هستند که می توان به راحتی آنها را برای پردازش های ژنومی در مقیاس وسیع مورد استفاده قرار داد. اما با این حال سوالی که پیش می اید ایا استفاده از این دیتاست ها برای مقایسه یا استفاده های دیگر سرقت علمی محسوب می شود؟

پاسخ خیر است. دیتابیس SRA یک دیتابیس علمی بیوانفورماتیک عمومی برای دانلود و پردازش داده های بزرگ یا BIG DATA است، بنابراین به دلیل دسترسی عمومی که به این داده ها وجود دارد کاربران با خیال راحت می توانند از آن استفاده کنند و برای انجام مقایسات ژنومی از داده های آن به عنوان ورودی های مقایسه ای استافده کنن. فقط در صورتی سرقت علمی در کار با داده های زیستی در نظر گرفته می شود که فرد استفاده کننده، مجددا داده های ثبت شده در SRA را با یک شماره دسترسی جدید در این پایگاه داده ثبت نماید. به دلیل مجهز بودن پایگاه داده SRA به ابزار مقایسه محتوای داده و کنترل کیفی محتوای خوانش های سابمیت شده در آن، نمی توان داده های قبلی را مجددا در آن سابمیت کرد. از طرف دیگر برای ثبت داده در SRA بایستی فایل اکسل متادیتای ارائه شده توسط شرکت توالی یابی نیز همراه با رکودهای خوانش شده در مرحله ثبت در این پایگاه داده آپلود شود.

بنابراین به دلیل اینکه SRA و محتوای آن برای ارزیابی های مقایسه ای در حوزه RNAseq، اگزوم یا ژنوم مورد استفاده قرار می گیرد، استفاده از محتوای آن خلاف شرع نبوده و حرام نیست و در نتیجه سرقت علمی محسوب نمی شود😁. پس با خیال راحت اگر اینترنت ارزون دارین و فضای ذخیره کافی ی بسم الله بگین و هرچی دلتون میخاد دانلود کنین و برای یادگیری یا ارزیابی های مقایسه ای ازشون استفاده کنین.

فایل های ذخیره شده در SRA به چهار صورت هستند. فایل های fasta، فایل های FASTQ، فایل های متادیتا و داده های تکنیکال، فایل های متنی. داده های fasta عمدتا خروجی های بعد از مرحله اسمبلی هستند که کاربر خوانش های دریافت شده از شرکت را پس از کنترل کیفی پردازش می کند و خروجی آن را در SRA قرار می دهد. فایل های FASTQ فایل های خام خوانش های دریافت شده از شرکت توالی یابی هستند که عمدتا از سایز بالایی برخوردارند و گاهان بالای 20 گیگ اندازه دارند به خصوص اگر به صورت PE باشند. داده های متا و تکنیکال عمدتا به صورت فایل های csv هستند و نهایتا کمتر از 20 مگابایت اندازه دارند. و فایل های متنی نیز شامل امارهای مربوط به خوانش های صورت گرفته توسط دستگاه توالی یاب شرکت توالی یابی، کیفیت خوانش ها، نوع آزمایش، شماره دسترسی ها و ... هستند و کمتر از 5 مگابایت اندازه دارند. وقتی شما با داده های SRA کار میکنین مشکل اصلی شما حجم داده های خام خوانش ها هستش که مرحله به مرحله پس از انجام هر پردازش محاسباتی سایزشون کوچیک میشه و به اصطلاح اب میرن. مثلا اگر 20 گیگابایت فایل خوانش دارین، بعد از اسمبلی میشه 10 گیگ، بعد از انوتیشن نهایتا بشه 500 مگ، بعد از مپینگ میشه کمتر از 200 مگ و بعد از انتولوژی ژنی و سرچ مسیرهای زیستی در KEGG و Biosamples و .... نهایتا بشه 10 مگابایت. بنابراین شما وقتی یه خوانش رو ارزیابی میکنین هی میاین اون رو رنده میکنین و سایزش کم میکنین تا به اطلاعات دلخواهتون برسین. بنابراین میشه اینجا گفت که برای مرحله اسمبلی بیشترین نیاز سخت افزاری دارین و برای مرحله ترسیم گراف ها و ... که عمدتا با R و پایتون و بیورابی انجام میشه نهایتا با یه PC معمولی یا ی لپتاپ 3 هسته ای هم کارتون راه میفته.

بنابراین، بهتون این اطمینان میدیم که استفاده از داده های SRA برای یادگیری، اشنایی با ابزارهای پردازشی، استفاده از اونا به عنوان دیتاست های مقایسه ای، بازیابی محتوای اطلاعاتیشون برای کشفیات جدید، مقایسه داده های اکسپریمنتال خودتون با اونا و ... سرقت علمی حساب نمیشه و شما میتونین با خیال راحت ازشون استفاده کنین..

ابزار Gephi برای ترسیم شبکه های بیولوژیکی

یکی از ابزارهای خوب که اخیرا برای مشاهده شبکه های بیولوژیکی توسعه داده شده است ابزار gephi است. این ابزار از انواع مختلف شبکه های همسو و ناهمسو پشتیبانی می کند و می توان از آن برای انالیز داده های اینتراکتوم استفاده کرد. با این حال در مقایسه با pathvisio و cytoscape از امکانات و جلوه های گرافیکی کمتری برخوردار است، و به هر حال می توان از آن برای بررسی شبکه ها ی زیستی استفاده کرد. این ابزار در رده ابزارهای با لول متوسط از لحاظ امکانات طبقه بندی می شود
لینک دانلود:
https://gephi.org/


@irbioinformatics

دانلود و نصب SRAtoolkit در لینوکس برای دریافت داده های RNAseq، اگزوم، و ژنوم

همانطور که می دونین برای دریافت داده های SRA به یک ابزار نیاز دارین که بتونین به عنوان رابط سیستمتون و پایگاه داده SRA اطلاعات ترانسفر کنین. برای این کار ابزار SRAtoolkit توسعه داده شده ابزار خیلی خوب و سبکیه و میتونین ازش به راحتی استفاده کنین. قبل از استفاده از SRAtoolkit به چند نکته دقت داشته باشین.
-----------------------------------------------------
1- ابزار رایگانه
2- اندازه داده های موجود در SRA با چیزی که روی سیستم شما منتقل میشه یکی نیست. چون به صورت نرمال در SRA برای کاهش حجم داده های سابمیت شده، سایزشون در کمترین حالت ممکن فشرده میشه. ی جوری که انقدر فایل بدبخت میچلونن که جاش بدن ی گوشه. بنابراین اگر ی فایلی دانلود کردین مثلا توی SRA نوشته 10 گیگ، مطمن باشین روی سیستم شما اندازش بیش از 12 گیگه پس اگر مرحله دانلود طول کشید دپرس نشین و ی دفه ابزار ببندین. لدفنی ارامش خودتون رو حفظ کنین 😁
3- داده های SRA حجمشون متغییره. برای ژنوم ویروس ها اندازه ها خیلی کمه، برای باکتری بزرگتر میشه، برای سلول گیاهی خیلی بزرگتر میشه و همینطور ادامه داره.
4- به صورت نرمال داده های توالی ژنی (ی ژن) کوچیکه. بعدش فایل های اگزوم کوچیکتر از RNAseq هستن، فایل های ژنوم بزرگتر از هر دوتاش هستش و همینطور سازماندهی فایل ها تغییر میکنه. پس زیاد نگران چیزی نباشین
-----------------------------------------------------
برای دانلود SRAtoolikt با کلیدهای ترکیبی ctrl T N میتونین ترمینال رو باز کنین یا اینکه روی ایکونش کلیک کنین باز بشه. بعد به ترتیب زیر ابزار رو دانلود کنین.

اول از دستور wget فایل سورسش رو بگیرین. اینجا من نسخه 2.11 رو دانلود کردم. شما میتونین نسخه 3 رو دانلود کنین فرقی زیاد باهم ندارن فقط یسری ابزار جدید به نسخه های بالاتر اضافه میشه و هی میان سرعت ترانسفر توشون تغییر میدن.
-----------------------------------------------------
$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.3/sratoolkit.2.11.3-ubuntu64.tar.gz
-----------------------------------------------------
مرحله بعد بیاین فایلی ک در مسیر /usr/downloads دانلود کردین رو از حالت فشرده با دستور زیر خارج کنین
-----------------------------------------------------
$ tar -zxvf sratoolkit.2.11.3-ubuntu64.tar.gz
-----------------------------------------------------
بعدش با دستور cd برین توی پوشه ای که از حالت فشرده خارج شده و در نهایت با ی دستور cd دیگه برین تو پوشه bin بعدش بیاین با دستور pwd مسیرشو تو ترمینال مشخص کنین. برای اینکار کافیه فقط برین تو پوشه bin و توی ترمینال تایپ کنین pwd خودش مسیر بهتون میده حالا باید مسیر پوشه bin رو اکسپورت کنین و در فایل bashrc ذخیره کنین و بعدم توی ترمینال اون رو source کنین که برای همیشه در دسترس باشه. دقت کنین بجای your path to ادرسی که توی ترمینالتون نشون داده میشه رو بزنین. الان که ادرس رو پیدا کردین خیلی راحت میتونین اونو اکسپورت کنین و بزنین به رگ😁
-----------------------------------------------------
export PATH=$PATH:/your path to/sratoolkit.2.11.3-ubuntu64/bin
-----------------------------------------------------
ترمینال ببندین و دوباره باز کنین و توی ترمینال بزنین fastq-dump -V. بعدش اگر همه چی درست انجام داده باشین بهتون ورژنی که نصب کردین رو میده و از الان ب بعد هرجا ک دلتون خواست میتونین رانش کنین. تو هر پوشه ای. فقط یادتون باشه فایل ک از حالت فشرده خارج کردین از مسیر ک به بش دادین رو حذف نکنین چون حذفش کنین دیگه خدابهتون رحم کنه 😂 به همین صورت میتونین در عرض کمتر از 10 دقیقه ابزار رو دانلود و نصب کنین و برین تو کار داده ها.

من مطمنم دو سه بار باهاش خوب کار کنین خیلی خفن یاد میگیرین. نیازم نیست هیچ هزینه ای بدین برین جایی شرکت کنین یاد بگیرین مثلا یه نصف روز بهتون آموزش نصب SRA بگن. خیلی تمیز و شیک و مجلسی با همین چندتا دستور نصب و رانش کنین. فقد و فقد ی چیزی اونم اینه اگر از HPC استفاده میکنین یادتون باشه تو مسیر ROOT نصبش نکنین چون باید شما وقتی SRAtoolkit رو دانلود میکنین و مسیر پوشه bin رو به فایل بش ار سی اضافه میکنن جوری تعریف کنین که رو همه هسته های HPC شما قابل دسترسی باشه.

بنابراین از کارشناس محترم HPCتون بپرسین تو چه مسیری نرم افزارا رو نصب میکنه. که دقیقا تو همون مسیر انجامش بدین. بعدم اینکه در سنتوس ممکنه ازتون بخواد کامپایلر gccتون رو اپدیت کنین میتونین با دستور yum اپدیتش کنین و بدون هیچ مشکلی رانش کنین.

انصافا برای ما هم ارزوهای قشنگ بکنین که بتونیم براتون باز مطالب خوب بزاریم ❤
@irbioinformatics

مرگِ ما درست از روزی آغاز می‌شود
که در برابر آنچه مهم است؛
سکوت مى‌كنیم...



مارتین لوتر

🏢 4th International Conference of Iranian Bioinformatics
💥Accepts Bioinformatics and Computational Biology papers

🗓 Date: 4-6 February, 2024
📍Location: In-Person & Virtual
💣 Extended deadline submission: 2024-11-21

🌐 More information and conference website:
Icb13.znu.ac.ir

📲Channel: @irBioinformatics
#conference #iran

📃 Constructing phylogenetic trees for microbiome data analysis: A mini-review

📗 Journal: Computational and Structural Biotechnology Journal (I.F.=4.4)
🗓Publish year: 2024

🧑‍💻Authors: Ruitao Liu, Xi Qiao, Yushu Shi, ...
🏢Universities: Case Western Reserve University, Cornell University, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ..., USA

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#review #phylogenetic #microbiome

‌
#معین

آهنگ #شوق_سفر

امروز رفتم تهران ‏مثل یک جنتلمن واقعی سوار مترو و اتوبوس می‌شی و شبیه یه بی‌خانمان ازش پیاده می‌شی😒🤏🧎‍➡️

#اخبار_بیوانفورماتیک
گروهی از محققان ایرانی به سرپرستی دکتر بابک خرسند موفق شدند جامع ترین دیتابیس پپتیدهای مرتبط با سرطان با ابزارهای جستجوی پیشرفته پپتیدهای موردنظر را توسعه دهند. در این دیتابیس که توسط این گروه از محققان برجسته ایرانی ارائه شده است هم چنین هزاران فیچر پروتئینی را برای استفاده در مطالعات ماشین لرنینگ مورد استفاده قرار می گیرد ایندکس شده است. نکته جالب توجه در رابطه با این دیتابیس این است که این محققان برای سهولت مطالعات بعدی فایل های pdb پپتیدهای ارزیابی شده در پژوهش خود را نیز در دسترس عموم قرار داده اند تا محققان در مطالعات بعدی از این ساختارهای بهینه شده برای توسعه پپتیدهای ضدسرطان جدیدتری بهره ببرند. تیم ادمین کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی از تلاش های ارزنده اقای دکتر خرسند و تیم ایشان کمال تشکر و قدردانی را به عمل می آورد و امید است شاهد موفقیت این دانشمندان جوان در آینده ای نزدیک باشیم.
https://t.me/IRBioinformatics/1056

ساختار سه بعدی metal binding B-sheets
@irbioinformatics

Crystallography Reveals Metal-Triggered Restructuring of β-Hairpins
@irbioinformatics
Metal binding to β-sheets occurs in many metalloproteins and is also implicated in the pathology of Alzheimer's disease. De novo designed metallo-β-sheets have been pursued as models and mimics of these proteins. However, no crystal structures of canonical β-sheet metallopeptides have yet been obtained, in stark contrast to many examples for ɑ-helical metallopeptides, leading to a poor understanding for their chemistry. To address this, we have engineered tryptophan zippers, stable 12-residue β-sheet peptides, to bind Cu(II) ions and obtained crystal structures through single crystal X-ray diffraction (SC-XRD). We find that metal binding triggers several unexpected supramolecular assemblies that demonstrate the range of higher-order structures available to metallo-β-sheets. Overall, these findings underscore the importance of crystallography in elucidating the rich structural landscape of metallo-β-sheet peptides.

#اخبار_بیوانفورماتیک
یکی از مهمترین اتفاقاتی که در طی دو ماه گذشته در حوزه بیوشیمی ساختاری و تعیین ساختار پروتئین ها اتفاق افتاده است تعیین ساختار صفحات بتا متصل شونده به فلزات می باشد که تحت عنوان metal binding B-sheets از آنها یاد می شود. این دامین ها در اکثر متالوپروتئین ها وجود دارند ولی با اینحال توپولوژی های ساختاری انها به ندرت مورد ارزیابی قرار گرفته است. تحقیقات نشان داده است این صفحات بتا متصل شونده به فلزات در پیشرفت بیماری الزایمر نقش دارند ...برای اولین بار ساختار سه بعدی این دامین ها دوماه پیش گزارش شده است و اکنون به عنوان تارگت جدیدی در مطالعات بالینی مربوط به الزایمر می توان از آنها استفاده کرد.
@irbioinformatics

https://t.me/IRBioinformatics/1051?single

برای آشنایی و مطالعه بیشتر در مورد مکانیسم مولکولی فعالیت پروتئین Rob در خصوص فعال سازی رونویسی می توانید این دو مقاله ارزشمند را مطالعه نمایید. با کلیک بر روی لینک های زیر فایل pdf مقالات مربوطه را دانلود کنید

1-Posttranscriptional Activation of the Transcriptional Activator Rob by Dipyridyl in Escherichia coli

@irbioinformatics

2-Structural basis of transcription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator

در اینجا می‌توانید ساختار کریو-EM از کمپلکس فعال‌سازی رونویسی وابسته به Rob با DNA را مشاهده کنید (کد PDB: 7VWY). این ساختار کریو-الکترون میکروسکوپی (cryo-EM) نشان‌دهنده تعامل بین پروتئین Rob و DNA است که برای تنظیم بیان ژن‌ها در پاسخ به استرس‌های محیطی نقش حیاتی دارد. با استفاده از این ساختار، می‌توان درک بهتری از نحوه اتصال Rob به نواحی پروموتر و تسهیل یا افزایش رونویسی توسط RNA پلی‌مراز به دست آورد.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics

فعال‌سازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob

اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
فعال‌سازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob به فرآیندی اشاره دارد که در آن پروتئین Rob (Right Origin Binding) بیان ژن‌های خاصی را به ویژه در پاسخ به استرس‌های محیطی یا تغییرات تنظیم می‌کند. Rob یکی از اعضای خانواده تنظیم‌کننده‌های رونویسی AraC/XylS است و نقش کلیدی در پاسخ‌های استرسی باکتری‌ها مانند استرس اکسیداتیو، مقاومت به آنتی‌بیوتیک و آسیب‌های غشایی دارد. این پروتئین به نواحی پروموتر خاصی در ژن‌های هدف متصل می‌شود و به تسهیل یا افزایش جذب RNA پلی‌مراز کمک می‌کند، که منجر به شروع رونویسی آن ژن‌ها می‌شود.
@irbioinformatics
فعال‌سازی رونویسی وابسته به Rob به دلیل توانایی آن در تنظیم بیان ژن در پاسخ به سیگنال‌های مختلف محیطی شناخته می‌شود. پروتئین Rob می‌تواند هم به عنوان سرکوبگر و هم به عنوان فعال‌کننده عمل کند، اما عملکرد فعال‌کننده آن در شرایط استرس بیشتر برجسته است. این پروتئین قادر است سیگنال‌های متنوعی مانند حضور آنتی‌بیوتیک‌ها، فلزات سنگین یا گونه‌های اکسیژن واکنشی را تشخیص دهد و سپس موجب افزایش بیان ژن‌های مرتبط با مقاومت به استرس، پمپ‌های خروجی (efflux pumps) و دیگر مکانیزم‌های محافظتی شود.
@irbioinformatics
یک نمونه مورد مطالعه از فعال‌سازی رونویسی وابسته به Rob نقش آن در تنظیم مجموعه ژنی mar (مقاومت به چندین آنتی‌بیوتیک) در اشریشیا کلی (Escherichia coli) است. در این سیستم، Rob بیان ژن‌هایی را فعال می‌کند که پمپ‌های خروجی و دیگر عواملی را که باکتری را در برابر ترکیبات مضر محافظت می‌کنند، رمزگذاری می‌کنند. این فعال‌سازی برای بقای باکتری تحت استرس آنتی‌بیوتیکی حیاتی است و نقش Rob در ترویج مقاومت چنددارویی را برجسته می‌کند.

نرگس بیمار تو گشته پرستار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

نرگس بیمار تو گشته پرستار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

رسم تو عاشق کشی پیشه‌ی من عاشقی

تیغ و زدن کار تو کشته شدن کار من
تا ز خط عنبرین حسن تو شد بیش تر

عاشق روی توام بیشتر از پیش تر

پرسش اگر میکنی عاشق درویش را

از همه عاشق ترم وز همه درویش تر

از عشق تو شیدا شدم شیدا شدم شیدا

از عشق تو رسوا شدم رسوا شدم رسوا
فروغی بسطامی

منظور از big data چیست و چه کاربردی دارد؟
@irbioinformatics
مفهوم "بیگ دیتا" (Big Data) در حوزه علوم زیستی به مجموعه‌ای از داده‌های بسیار بزرگ و پیچیده اشاره دارد که به‌طور معمول از منابع مختلفی جمع‌آوری می‌شوند. این داده‌ها شامل اطلاعات ژنتیکی، داده‌های بالینی، نتایج آزمایش‌ها، تصاویر پزشکی و حتی داده‌های مربوط به رفتارهای محیطی و اجتماعی هستند. با توجه به رشد سریع تکنولوژی‌های جمع‌آوری داده، حجم این اطلاعات به‌طور تصاعدی افزایش یافته و نیاز به ابزارهای تحلیلی پیشرفته را ایجاد کرده است.

استفاده از بیگ دیتا در علوم زیستی می‌تواند به درک بهتر بیماری‌ها، شناسایی الگوهای جدید در سلامت و پیشگیری از بیماری‌ها کمک کند. به‌عنوان مثال، با تحلیل داده‌های ژنتیکی و بالینی، محققان می‌توانند ارتباطات بین ژن‌ها و بیماری‌ها را شناسایی کنند. همچنین، با استفاده از داده‌های بزرگ، می‌توان به شناسایی عوامل محیطی مؤثر بر سلامت انسان پرداخت و برنامه‌های پیشگیرانه موثرتری طراحی کرد.

چالش‌های مرتبط با بیگ دیتا در علوم زیستی شامل مسائل مربوط به حریم خصوصی، امنیت داده‌ها و یکپارچگی اطلاعات است. همچنین، نیاز به مهارت‌های تحلیلی و فنی برای پردازش و تفسیر این داده‌ها وجود دارد. پژوهشگران باید قادر باشند تا از ابزارهای پیشرفته مانند یادگیری ماشین و هوش مصنوعی برای استخراج اطلاعات مفید از این حجم وسیع داده استفاده کنند.

در نهایت، بیگ دیتا پتانسیل تغییرات بنیادی در تحقیقات زیستی و پزشکی را دارد. با استفاده از این داده‌ها، می‌توان به توسعه درمان‌های شخصی‌سازی‌شده، بهبود کیفیت مراقبت‌های پزشکی و افزایش دقت تشخیص بیماری‌ها دست یافت. این روند نه‌تنها به پیشرفت علم کمک می‌کند بلکه می‌تواند تأثیرات مثبت زیادی بر روی سلامت عمومی و کیفیت زندگی افراد داشته باشد.
https://t.me/IRBioinformatics/1044

چه استعدادهایی در این مملکت در گمنامی خاموش می شوند 😢 ناز نفست ایشالا هرجا هستی در سلامتی و تندرستی باشی برادر عزیز

📃Diffusion Models in De Novo Drug Design

📔Journal: Journal of Chemical Information and Modeling (I.F.=5.6) - Q1
🗓Publish year: 2024

🧑‍💻Authors: Amira Alakhdar, Barnabas Poczos, Newell Washburn
🏢Universities: Carnegie Mellon University, USA

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #diffusion

📄 Deep learning methods for protein structure prediction

📘Journal: MedComm – Future Medicine
🗓Publish year: 2024

🧑‍💻Authors: Yiming Qin, Zihan Chen, Ye Peng, ...
🏢University: Macau University of Science and Technology, China

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#review #deep_learning #protein

💭 هرچی بیشتر به زندگی آدم‌های تاثیرگذار نگاه می‌کنم بیشتر متوجه میشم که اونها تو "نه گفتن" تمایل حیرت‌انگیزی دارن. نه گفتن به هرچیزی که اونها رو از اولویت‌هاشون دور میکنه. میخواد نه گفتن به وسوسه چک کردن گوشی حین درس خوندن باشه! میخواد نه گفتن به یه کنجکاوی بی‌جای خونه خراب کن…

📌 می‌خواد "نه گفتن" به آدمی باشه که می‌دونیم قراره وقت و انرژی و هزینه‌مون رو بگیره! و می‌خواد نه گفتن به یه لذتی باشه که می‌دونیم الان حال میده اما بعدا حتما حال‌مون‌رو می‌گیره!.

📍نه گفتن از تعهد میاد و اگر به چیزی متعهد نباشیم، هرچیزی می‌تونه حواس ما رو به خودش پرت کنه...

اگر می‌تونستم و اگر قدرت این رو داشتم که فقط یک‌چیز، تنها یک‌چیز رو از هستی و روزگار محو کنم، فقر بود.

Cultivating Success: Interview with Mark van Gerven, UC Davis Outstanding Student Award Winner

✅ Link

✅ Seed World Europe
-------------------------------
@IRBioinformatics

اپیستازی به معنای تأثیر یک ژن بر بیان یا عملکرد ژن دیگر است. این پدیده می‌تواند در فرآیندهای وراثتی و توسعه صفات مختلف در موجودات زنده نقش مهمی ایفا کند. به عبارت دیگر، وقتی دو یا چند ژن در یک مسیر بیوشیمیایی یا یک فرآیند بیولوژیکی تعامل دارند، یکی از ژن‌ها می‌تواند تأثیر دیگری را مهار یا تقویت کند. این نوع تعاملات می‌توانند منجر به تنوع و پیچیدگی در صفات فنوتیپی شوند.

یکی از مثال‌های بارز اپیستازی، تأثیر رنگ پوست در برخی از حیوانات است. در این حالت، یک ژن می‌تواند رنگ پوست را تحت تأثیر قرار دهد، در حالی که ژن دیگری ممکن است بر توزیع یا شدت رنگ تأثیر بگذارد. بنابراین، حتی اگر یک ژن خاص برای تولید رنگ خاصی وجود داشته باشد، وجود یا عدم وجود ژن‌های دیگر می‌تواند مانع از بروز آن رنگ شود یا آن را تغییر دهد. این نوع تعاملات می‌توانند به طور قابل توجهی بر روی ویژگی‌های ظاهری و عملکردی موجودات زنده تأثیر بگذارند.

اپیستازی همچنین می‌تواند در زمینه‌های تحقیقاتی و پزشکی اهمیت زیادی داشته باشد. درک این پدیده می‌تواند به دانشمندان کمک کند تا الگوهای وراثتی بیماری‌ها را بهتر شناسایی کنند و در نتیجه درمان‌های مؤثرتری ارائه دهند. به عنوان مثال، در برخی از بیماری‌ها، ترکیب خاصی از ژن‌ها ممکن است خطر ابتلا به بیماری را افزایش دهد، در حالی که وجود یک ژن دیگر می‌تواند این خطر را کاهش دهد. بنابراین، مطالعه اپیستازی می‌تواند به کشف راهکارهای جدید برای پیشگیری و درمان بیماری‌ها کمک کند.

اپیستازی به چند نوع مختلف تقسیم می‌شود که هر یک ویژگی‌ها و تأثیرات خاص خود را دارند. در زیر به برخی از انواع اصلی اپیستازی اشاره می‌کنم:

1. اپیستازی غالب (Dominant Epistasis):

• در این نوع، وجود یک آلل غالب در یک ژن می‌تواند اثرات ژن دیگر را کاملاً مهار کند. به عبارت دیگر، حتی اگر یک ژن دیگر دارای آلل‌های مختلف باشد، فقط وجود آلل غالب کافی است تا اثر آن ژن تحت تأثیر قرار گیرد.

• مثال: در گیاهان، وجود یک آلل غالب ممکن است رنگ گل را به طور کامل تغییر دهد، صرف‌نظر از ژن‌های دیگر.

2. اپیستازی مغلوب (Recessive Epistasis):

• در این نوع، برای اینکه اثر یک ژن مهار شود، باید هر دو آلل آن ژن مغلوب باشند. به عبارت دیگر، فقط در صورت وجود دو آلل مغلوب در یک ژن، اثر آن ژن قابل مشاهده نیست.

• مثال: در برخی از حیوانات، وجود دو آلل مغلوب ممکن است باعث شود که رنگ خاصی از مو یا پوست ظاهر نشود.

3. اپیستازی مکمل (Complementary Epistasis):

• در این نوع، دو ژن مختلف باید هر دو فعال باشند تا یک صفت خاص بروز کند. اگر یکی از این دو ژن غیرفعال باشد، صفت مورد نظر بروز نخواهد کرد.

• مثال: در برخی از گیاهان، برای تولید یک رنگ خاص، هر دو ژن باید فعال باشند؛ در غیر این صورت، رنگ مورد نظر ایجاد نمی‌شود.

4. اپیستازی متقابل (Antagonistic Epistasis):

• در این نوع، یک ژن می‌تواند اثرات دیگری را کاهش دهد یا معکوس کند. این نوع اپیستازی معمولاً به صورت تعاملات پیچیده‌ای بین چندین ژن بروز می‌کند.

• مثال: در برخی از موجودات زنده، وجود یک ژن می‌تواند اثرات مثبت یک ژن دیگر را کاهش دهد.

5. اپیستازی چندگانه (Multiple Epistasis):

• در این نوع، چندین ژن به طور همزمان بر روی یک صفت تأثیر می‌گذارند و تعاملات پیچیده‌ای میان آن‌ها وجود دارد.

• مثال: رنگ پوست در انسان‌ها تحت تأثیر چندین ژن قرار دارد که هر کدام به تنهایی و به صورت ترکیبی بر روی رنگ نهایی تأثیر می‌گذارند.

در مجموع، اپیستازی می‌تواند نقش مهمی در تنوع و پیچیدگی صفات موجودات زنده ایفا کند و مطالعه آن می‌تواند به درک بهتر فرآیندهای وراثتی و بیولوژیکی کمک کند.
https://t.me/IRBioinformatics/1037

اپیستازی چیست و چه کاربردی دارد؟
https://t.me/IRBioinformatics/1036