Для того чтобы окончательно решить вопрос, учёные обратились к современным методам молекулярной генетики. Использование ДНК-дактилоскопии стало ключевым этапом в этом процессе. Исследователи начали анализировать ДНК, полученную из найденных останков, и сравнивать её с образцами от живых потомков Романовых.
Одним из важных шагов было получение биоматериала от принца Филиппа, герцога Эдинбургского, супруга королевы Елизаветы II. Он был родственником царской семьи по линии сестры императрицы Александры Фёдоровны, и его ДНК стала важным элементом для подтверждения родства.
Были использованы высокоточные методы молекулярной генетики, позволяющие работать с малыми количествами материала, а также информация о генетических заболеваниях, характерных для Романовых, например, гемофилия, которой болел цесаревич Алексей.
Результаты ДНК-экспертизы в итоге подтвердили, что останки действительно принадлежат Николаю II, его жене Александре и их детям. И в 2000 году останки царской семьи были торжественно захоронены в Петропавловской крепости.