Desde 1978 convoco 15 asambleas del Sínodo de los Obispos: 6 generales ordinarias (1980, 1983, 1987, 1990,1994 Y 2001),1 asamblea general extraordinaria (1985) y 8 asambleas especiales (1980, 1991, 1994, 1995,1997,1998 [2] Y 1999).
El 13 de mayo de 1981, en la Plaza de San Pedro, sufrió un grave atentado. Salvado por la mano maternal de la Madre de Dios, tras una larga convalecencia, perdonó a su agresor y, consciente de haber recibido una nueva vida, intensificó sus compromisos pastorales con heroica generosidad.
Su solicitud de pastor encontró, además, expresión en la erección de numerosas diócesis y circunscripciones eclesiásticas, en la promulgación de los Códigos de Derecho Canónico —el latino y el de las Iglesias Orientales—, del Catecismo de la Iglesia Católica. Proponiendo al Pueblo de Dios momentos de particular intensidad espiritual, convoco el Año de la Redención, el Año Mariano y el Año de la Eucaristía, además del Gran Jubileo del año 2000. Se acercó a las nuevas generaciones instituyendo la celebración de la Jornada Mundial de la Juventud.
Ningún Papa se había encontrado con tantas personas como Juan Pablo II. En las Audiencias Generales de los miércoles (no menos de 1160) participaron más de 17.600.000 peregrinos, sin contar todas las demás audiencias especiales y las ceremonias religiosas (más de 8 millones de peregrinos solo durante el Gran Jubileo del año 2000). También se encontró con millones de fieles en el curso de las visitas pastorales en Italia y en el mundo. Igualmente fueron numerosos los mandatarios recibidos en audiencia: baste recordar las 38 visitas oficiales y las 738 audiencias o encuentros con Jefes de Estado, así como las 246 audiencias y encuentros con Primeros Ministros.
Murió en Roma, en el Palacio Apostólico Vaticano, el sábado 2 de abril de 2005, a las 21h 37m, la víspera del Domingo in Albis o de la Divina Misericordia, fiesta instituida por él. Los funerales solemnes en la Plaza de San Pedro y la sepultura en las Grutas Vaticanas fueron celebrados el 8 de abril.
La solemne ceremonia de beatificación, en el atrio de la Basílica Papal de San Pedro, el 1 de mayo de 2011, fue presidida por el Sumo Pontífice Benedicto XVI, su inmediato sucesor y valioso colaborador durante muchos años como Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe.
El Papa Francisco celebró el rito de canonización de Juan Pablo II el 27 de abril de 2014.