Mehr | مهرداد عامری

https://www.youtube.com/watch?v=44BHm_gNZq8

امروز خبر بسیار خوبی بهمون رسید که متاسفانه فعلا نمیتونم مطرحش کنم... 😅



اما فقط اینو بهتون بگم که توی هر رشته و مسیری که هستین، بی وقفه روی خودتون تمرکز کنین، خودتون رو قوی کنین، و برین به سمت چیزایی که دوست دارین...



قبل از اینکه متوجه بشین همه چیز اونی شده که میخواستین... ❤️

هوا بارونی میشه من نمیدونم چرا اینترنتو تلفنو همه چیزمون میریزه بهم 😐

فرض کن یه ویدئو ۲۰ گیگی رو آپلود کنی یوتیوب، بیشتر از ۲۴ ساعت فرآیند آپلود طول بکشه، بعد که شد ۱۰۰ درصد، توی Processing ارور بده و مجبور شی دوباره آپلود رو انجام بدی... 😂😂



من آخر سر این آپلودها کارم به تیمارستان کشیده میشه

اگر جلسه دیروز رو نبودین و هنوز توی مسترکلاس سرطان شناسی شرکت نکردین، ازینجا میتونین بازپخش رو ببینین

بازپخش جلسه اول




مشاهده

من تا حالا توی مسابقات علمی شرکت نکرده بودم (چه المپیادها، چه جشنواره‌های علمی مختلف و...)، و توی سال‌های دانشجویی تا الان، بیشتر برای جشنواره‌های فرهنگی هنری کار میکردم (اغلب تئاتر)...


چند ماه پیش با چندتا از دوستانم، توی یه مسابقه استارتاپی شرکت کردیم...


مثل اینکه طرحمون بین طرح‌های منتخب برای دریافت گرنت فناورانه قرار گرفته...


پروژه‌مون هم یه نرم افزار مبتنی بر هوش مصنوعی برای غربالگری و کنترل سرطان معده بود...

سرویس ایمیل دانشگاه اصولا یه جوری طراحی شده که تو نتونی واردش شی 😂

"کنج آزمایشگاه"، خیلی خیلی خوبه...







🧬🎙️

راستی فردا اولین جلسه مسترکلاس سرطان رو شروع میکنیم...


شنبه ها مجدد جذاب میشه... 😂


اگه ثبت نام نکردین، حتما تا فردا قبل از شروع کلاس، ثبت نامتون رو کامل کنین تا بتونین توی جلسات آنلاین، شرکت کنین ❤️

حالا همین الان که ما درگیر هزارتا کار و پروژه هستیم، بیتکوین و بازار کریپتو باید اینطوری بشه 😂

عجب هفته ای بود...

بچه ها ببخشید این چند روز نتونستم پیام‌ها رو پاسخ بدم، بی وقفه کار پشت کار و نشد حتی یه بار هم طی هفته پیج اینستامو چک کنم


یه عالمه دایرکت و پیام توی تلگرام اومدن که یکی یکی سعی میکنم پاسخ بدم...


معذرت میخوام بابت تاخیر در پاسخ‌گویی ❤️

اینکه به دستاوردهاتون افتخار کنید خیلی خوبه... به آدم انگیزه ادامه دادن میده...

⭕️ اما اینکه به واسطه دستاوردهاتون بقیه رو تحقیر کنید یا خودتون رو از اون‌ها بالاتر بدونید، یکی از سخیف‌ترین کارهای ممکنه...

همیشه خوبه آدم این رو فراموش نکنه که اگه به جایی رسید، دلیل بر این نیست که از بقیه خیلی بهتر بوده. همیشه افرادی بهتر از ما هستن که فقط نخواستن به هر دلیل در جایگاه ما باشن.

اگر رتبه ۱ کنکور شدید، ممکنه به این دلیل باشه که اونی که از شما بهتره، نخواسته اون سال امتحان بده...

اگر توی یه دانشگاه با اسم و رسم‌دار و بزرگ درس می‌خونید، ممکنه به خاطر این باشه که کسی که از شما بهتر هست، بنا به دلایلی، ترجیح داده اون دانشگاه انتخابش نباشه...

و خیلی مثال‌های دیگه...

قطعا این مباحث، زیر سوال بردن توانایی افرادی که به یه جایگاهی رسیدن نیست، اما احتمالاتیه که همیشه باید به خودمون گوشزد کنیم و با دستاوردهامون، نگاه از بالا به پایین به بقیه نداشته باشیم...

یه مورد اعجوبه دیدم که لازم شد این رو بگم!

۲۴ ساعت برای یه روز کمه...

یه درس مهم و بزرگ


آدما همیشه به صحبتی گوش میدن و میپذیرنش، که درکش کنن...


با هرکسی قصد مذاکره و همکاری داشتید (مثلا یه استاد یا کارفرما)، محتوای صحبتتون رو به شکلی پرزنت کنید که اون فرد خوب درکش کنه


امکان نتیجه نگرفتن ازش خیلی کمه...

سلام عزیزان
روزتون بخیر



⭕️ اگه توی مسترکلاس سرطان شناسی ثبت نام کردین ولی هنوز به کانال تلگرام دوره اضافه نشدین، لطفا از طریق لینک زیر حتما وارد کانال بشید، چون لینک هر جلسه فقط توی کانال زیر قرار داده میشه:



لینک کانال


👇

خب ۱۰۰ نفر ثبت نام رو در کمتر از ۲ ساعت رد کردیم


خیلی ممنونم ازتون ❤️


اینو بگم که درسته بیشتر جلسات رو من در خدمتتون هستم، اما دو استاد بزرگوار از مرکز تحقیقات سرطان هم توی این دوره تدریس خواهند داشت:



✅️ پروفسور قادری رئیس مرکز تحقیقات سرطان شناسی و متخصص ایمونولوژی
✅️ دکتر امین رمضانی دانشیار بیوتکنولوژی پزشکی



احتمالا در خدمت اساتید دیگه‌ای هم باشیم...

خب عزیزان ثبت نام در مسترکلاس سرطان شناسی شروع شد...



لطفا برای ثبت نام رایگان، از طریق لینک زیر اقدام کنید و حتما به کانال تلگرام دوره هم اضافه بشید، چون لینک جلسات اونجا قرار میگیره



ثبت نام


.

خیلی اوقات توی بیوانفورماتیک، ساخت و انتشار فقط یه نرم‌افزار این مدلی، به اندازه ده‌ها کار آنالیزمحور تکراری ارزشمنده


یه نرم‌افزار کاربردی که نیاز کاربرای زیادی رو برطرف کنه، می‌تونه تا ده‌ها هزار سایتیشن رو دریافت کنه، درحالی که ۱۰۰ تا مقاله آنالیزمحور تکراری، روی هم ممکنه چنین میزان سایتیشنی رو دریافت نکنن.


⭕️⭕️ قطعا افراد شاخص توی بیوانفورماتیک، به خاطر همون یکی دوتا نرم‌افزاری که ساختن یا آنالیزهای مختلفی که پیشنهاد دادن شناخته شده هستن، نه به خاطر انجام هفته‌ای یه پروژه و آنالیز جدید

وقتی صحبت از ساخت نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی میشه، منظور این نیست که هر نرم‌افزار یک آنالیز یا کار خارق‌العاده و جدید رو پیشنهاد کنه و انجام بده.


خیلی‌ها:
- با پیاده‌سازی آنالیزهای مختلف تحت کد در یک نرم‌افزار با رابط گرافیکی
- ساده‌سازی دسترسی به اون‌ آنالیزها
- یا حتی ایجاد ارتباط بین آنالیزهای مختلف،

یه ابزار در دسترس و خیلی کاربردی رو ارائه می‌کنن که هم مقاله‌اش جای خوبی به چاپ می‌رسه و کاربردی هست، هم پروژه‌ای هست که پتانسیل دیده شدن بالایی داره.


مثل این مقاله که براتون فرستادم


مسیر ورود به این فیلد کاری هم اول درک خود دنیای بیوانفورماتیک هست، دوم یادگیری زبان‌های R و پایتون و اندکی دانش طراحی سایت (اگر قراره به شکل یک وب اپلیکیشن منتشرش کنید).

یه وب اپلیکیشن خوب برای کارهای امیکس محور، برای درک ساز و کارش مقاله‌اش رو بخونین حتما

در توییتر اگر هستین، این روزا بیشتر اینجا و اونجام به جای اینستاگرام 😄:

https://x.com/MehrdadAmeri/status/1851916494289993760

مقاله‌ای نو و تازه نوشتیم برایتان:


مطالعه

حالا فایده درک و یادگیری این الگوریتم‌ها چیه؟

اینه که می‌تونید نرم‌افزارهای مختلف بیوانفورماتیکی رو به واسطه‌شون توسعه بدین.

مثلا این ویدئو، یه پروژه شناسایی جهش‌های نقطه‌ایه که من چند سال پیش کار کرده بودم. البته اول با Streamlit توی پایتون نوشته بودمش و شکل و شمایل دیگه‌ای داشت.

اما چون الان قرار هست آنلاین بشه، با کمک جنگو توی پایتون نوشتمش که ظاهر حرفه‌ای‌تری داشته باشه و قابلیت‌های جالب‌تری هم بهش اضافه شده ( مثل خروجی گرفتن فایل CSV جهش‌ها و البته اتصال به یه سری دیتابیس‌های شناسایی نوع بیماری مبتنی بر جهش که توی یه ورژن دیگه‌اش هست و داخل فیلم نمایش داده نشده).

کافیه چندتا نرم‌افزار بیوانفورماتیکی رو بسازید و این الگوریتم‌ها رو در اون نرم‌افزار پیاده‌سازی کنید. خیلی خیلی خیلی مزایای علمی خوبی می‌تونه براتون به همراه داشته باشه.

این نرم‌افزار و چند نرم‌افزار دیگه هم قرار هست توی سایت مرکز تحقیقات بیوانفورماتیکمون آنلاین بشن که لینکشو بعد از آپلود براتون میذارم تا توی پروژه‌هاتون ازشون استفاده کنید.

یه دسته بندی از انواع الگوریتم‌های مخصوص Sequence Alignment رو که داشتم روش کار می کردم، براتون توی وبلاگ گذاشتم (فقط ببینین چندتا داریم!). در اسرع وقت ساز و کار چندتا از پرکاربردترین‌هاش رو براتون توضیح میدم.



مطالعه

یکی از زیباترین بخش‌های مطالعاتی توی بیوانفورماتیک،‌ درک ساز و کار الگوریتم‌های مختلف برای انجام کارهای به خصوصه. صدها الگوریتم جذاب بیوانفورماتیکی که مدام هم به تعدادشون اضافه میشه و مغز آدم رو به درد میارن موقع مطالعه (جذابیتش در همینه که سخته 😂). اگه بدونین فقط برای Alignment کردن توالی‌‌ها، چندتا الگوریتم بیوانفورماتیکی وجود داره، مغزتون سوت میکشه. هرکدوم هم ویژگی‌های خاص خودشونو دارن.

از چند سال پیش که شروع کردم به مطالعه این الگوریتم‌ها، یه دنیای جدید پیش روم قرار گرفت و انگار در مورد هر آنالیز و کار بیوانفورماتیکی، خیلی خیلی شفاف‌تر می‌تونستم فکر کنم. البته که به واسطه گستردگی بیوانفورماتیک، منطقی نیست تمام این الگوریتم‌ها رو زیر و رو کنیم، اما بسته به فیلد کاریمون، اگه فقط چندتا از مهم‌هاشون (توی فیلدی که مشغول به کار هستیم) رو خوب مطالعه کنیم و از ساز و کارشون سر در بیاریم، متوجه میشیم چقدر در مورد یه سری چیزا اشتباه فکر می‌کردیم و باید چطور به مسائل نگاه کرد.

باگ اصلی پروژه‌های بیوانفورماتیکی که بچه‌های با بیس بیولوژی انجام میدن،‌ پیروی از یه سری پروتکل آماده بدون توجه به منطق پشتشونه. بسیار بسیار بسیار بسیار بسیار و بسیار بسیار بسیار چیزای مختلفی رو مازاد بر فقط انجام اون کار میشه مطالعه کرد. صد البته که این موضوع به خاطر تنبلی فرد نیست و خیلی‌ها دوست دارن که بخونن، اما نمی‌دونن از کجا و چطور... سعی می‌کنم براتون از ساز و کار چندتا از الگوریتم‌های مختلف هم بگم تا منطق پشتشون رو بهتر درک کنید.

دنیای جذابیه...

یه کتاب هوش مصنوعی دارم میخونم، بعضی جاهای متنش انقدر سنگین نوشته شده، انگار تاریخ بیهقیه


حس میکنم نویسنده سخت‌ترین مترادف هر کلمه رو که خود خوانندگان Native هم معنیشو نمیدونن، از توی دیکشنری پیدا کرده و باهاشون جمله ساخته 😂

اگه برای مقالاتتون نیاز به تصاویر رایگان جذاب دارین و Biorender هم در دسترس نیست، NIH یه عالمه تصویر گرافیکی رو رایگان منتشر کرده که از طریق لینک زیر می‌تونین بهشون دسترسی داشته باشید:


لینک تصاویر

توضیحات در مورد مسترکلاسی که گفتم

یه مسترکلاس رایگان قرار هست داشته باشیم...


به صورت آنلاین هفته ای ۱ جلسه... فعلا اندازه ۲۰ جلسه آنلاین براش محتوا در نظر گرفتیم 🙏 احتمالا بیشتر هم بشه و ماژول‌های بیشتری رو بهش اضافه کنیم اگر استقبال خوب باشه



به زودی توی اینستاگرام ویدئوی معرفیش و مسیر ثبت نامش قرار داده میشه، ممنون میشم اگر در دیده شدنش بهمون کمک کنین



تاپیکش برای اکثر رشته های علوم زیستی و پزشکی انقدر کاربردی و جذاب هست که مطمئنم به کمک خیلی ها میاد...

خب بعد از گذشت ۷۰ ساعت، پادکست جدیدی که ضبط کردیم ۷۵ درصدش توی یوتیوب آپلود شده (😂 خنده‌های خیلی هیستریک 😂)



امیدوارم تا آخر شب تموم شه آپلودش...



اپیزود جذابیه و یه مهمان ویژه هم داریم، حتما مشاهده اش کنین

مقاله جالب و مفید


https://www.nature.com/articles/s41592-024-02212-x#Sec2

من رفرنس جدید و خوب برای کارم پیدا می‌کنم (چه کتاب چه مقاله)، عین این بچه‌هایی که براشون قاقالی خریدن وحشتناک ذوق می‌کنم 😂 این عادی نیست!

مقاله خوبیه

اگه به مطالعات و آنالیز داده‌های میکروبیوم علاقه دارین، یه برنامه آنلاین معتبر توسط Institute for Systems Biology در حال برگزاری هست. از طریق این سایت می‌تونین برنامه رو دنبال کنید. توی کانال یوتیوبشونم بازپخششو میذارن 👇


https://isbscience.org/microbiome2024/

یه نکته کاربردی برای افرادی که دوست دارن یکی از مهارت‌های مهم توی رزومه‌شون، R یا پایتون باشه


برای اینکه توی برنامه نویسی علمی خیلی خیلی قوی بشین و حرف برای گفتن داشته باشین، یه تمرین خیلی خوب بعد از اینکه به کلیات اون زبان مسلط شدین و پروژه‌های مختلفی هم انجام دادین، مطالعه و آنالیز سورس کد پکیج‌ها و کتابخانه‌های اون زبان هست.


مثلا اگه از یه پکیج به خصوص برای آنالیز داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کنین، سورس کد پکیج رو دانلود کنین و یکی یکی فایل‌هاشو باز کنین. ببینین هر کدوم از توابع چطوری نوشته شدن و برای پردازش داده‌ها، از چه محاسباتی استفاده می‌کنن.


✅ اولش سخته، خیلی هم مبهمه. از چت جی پی تی برای درک توابع اون پکیج حتما کمک بگیرین. اما یه پکیج رو اینطوری آنالیز کنین، اثرش رو توی پختگی ذهنی پیرامون اون مسئله میبینید.




اگه نمی‌دونی R چقدر مهمه اینجا رو بخون

اگه هنوز یادگیری R رو شروع نکردی اینجا کلیک کن

چطوری جایزه نوبل ببریم؟



اولش که این نوشته رو دیدم یکم تعجب کردم، اما اعداد و ارقام واقعا با آدم حرف‌های دیگه‌ای میزنن.



متن جالبیه و توصیه میکنم فرصت داشتین حتما مطالعه‌اش کنین



https://www.nature.com/immersive/d41586-024-02897-2/index.html

🔵 وبینار بررسی تکنولوژی‌های مختلف Transcriptomics

باسلام و احترام
انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران  برگزار می‌کند: "وبینار بررسی تکنولوژی‌های مختلف Transcriptomics" 

⏰ زمان برگزاری: ۱۰ آبان ماه ساعت ۱۷ الی ۱۹

💻 نحوه برگزاری: مجازی و در بستر اسکای روم

مدرس: مهرداد عامری
کاندیدای دکتری بیوتکنولوژی پزشکی
دانشگاه علوم پزشکی شیراز
پژوهشگر مرکز تحقیقات سرطان علوم پزشکی شیراز

✅ لذا متقاضیان برای ثبت‌نام، اطلاعات خود شامل نام و نام‌خانوادگی، رشته و مقطع تحصیلی، شماره‌ی همراه و ایمیل فعال را به شماره‌ی تلگرام 09335051252 ارسال فرمایید.

💰هزینه ثبت نام: مبلغ ۲۵۰ هزار تومان

🔐 لینک اتاق، نام کاربری و رمز ورود شرکت‌کنندگان روز قبل از برگزاری وبینار برای هر شرکت کننده ارسال می‌گردد.

📃 گواهینامه معتبر از سوی انجمن بیوتکنولوژی برای شرکت کنندگان صادر می‌گردد.

باتشکر 🙏🏻

مقاله خوب 👇


https://idp.nature.com/authorize?response_type=cookie&client_id=grover&redirect_uri=https%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Farticles%2Fs41592-024-02429-w

یه پلتفورم خیلی خوب برای کارهای سینگل سل، Smart-seq هست. این ۲ تا مقاله رو فرصت داشتین بخونین مقالات اصلیشونه

https://www.nature.com/articles/s41587-020-0497-0#Sec25

https://www.nature.com/articles/nmeth.2639

دیشب آنلاین شد، اما حس می‌کنم نرفتید چک کنید


پس بفرمایید مقاله کاربردی


مطالعه مقاله

دارم یه مقاله جدید رو برای سایت مینویسم، رفتم سیو کنم یهویی نوشت این لینک منقضی شده


نزدیک بود تمام الفاظ غیرآکادمیکی که بلدم رو نثار اینترنت کنم که خدا رو شکر مطلب برگشت 😂



تا شب فعال میشه روی سایت


در مورد مسیر و جزئیات یادگیری بیوانفورماتیک هست

همیشه شناختن اولین فرد، تیم، شرکت یا مطالعه، که یه تکنولوژی جدید رو به دنیا معرفی می‌کنن برام جذاب بوده و هست.



داشتم یه مقاله می‌خوندم که توی اون به مطالعه‌ای اشاره کرده بود که برای اولین بار تکنولوژی Single-Cell RNAseq رو معرفی کرده. کمی بررسی کردم و انگار مورد تایید هست. اگه علاقمند بودین، حتما مطالعه‌اش کنید.


لینک مقاله

سلام بچه ها
روزتون بخیر



✅️ ما یه سری ایمیل آموزشی برای مشترکینمون ارسال میکنیم (اغلبشو خودم آماده میکنم)، نکات کاربردی مرتبط با بیوانفورماتیک و یه سری تست های خاص آزمایشگاهی





اگه دوست دارین براتون ارسال شه، از طریق لینک زیر میتونین ایمیلتون رو ثبت کنین




عضویت رایگان

یه ژورنالی که واقعا واقعا ارزش داره هرکدوم از مقالاتش که به فیلد کاریتون نزدیک هست رو روزها و هفته‌ها مطالعه و آنالیز کنین، Nature Protocols هست.



⭕️ مقالاتش بسیار سنگین، اما پر از نکته آموزشی و با ارزشه...



✅️ چندتا از مقالاتش که مرتبط با کارتون هست رو پیدا و مطالعه کنین، نه اینکه فقط یه بار همینطوری بخونینش، ده ها بار مطالعه‌اش کنید، هفته ها هم طول کشید ناامید نشین، اونوقت ببینین چقدر ایده‌های جذاب‌تری برای ریسرچ به ذهنتون میرسه...

یه مقاله جامع براتون در مورد بیوانفورماتیک و تمام نکاتی که باید پیرامونش بدونین نوشتم.


از صبح دارم روش کار می‌کنم 😂 امیدوارم براتون مفید باشه.


لینک مطالعه

اینو بخونین عاقبت به خیر شین